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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002890

染色体: Chr03 坐标: 45569144-45571457 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002890
名称SmilChr03G002890
描述50S ribosomal protein L27, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向45569144 - 45571457 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016049
GeneID131016049
locus_tag-
NCBI NameLOC131016049
原始查询SmilChr03G002890

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述50S ribosomal protein L27, chloroplastic
产物50S ribosomal protein L27%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G40950 (RPL27)
ribosomal protein large subunit 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834097]
identity=69.4; qcov=1.01; evalue=5.08e-84; confidence=high
RiceOs01g0924000 (RPL27)
-
identity=66; qcov=1.01; evalue=2.13e-81; confidence=high
GOGO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation)
KEGGsmil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01016 (Ribosomal_L27)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016049

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057800576.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057800576.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800576.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800576.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800576.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:45569365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C58,C78,C85
Chr3:45569403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B83
Chr3:45569581 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C44
Chr3:45569581 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C44
Chr3:45570996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B77,C58,C78,C85,D10
Chr3:45571105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B15,C22,C28,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800576.1
194 aa
N
1
97
194
Ribosomal_L27
C
PF01016 Ribosomal_L27 56-135 aa
XP_057800577.1
194 aa
N
1
97
194
Ribosomal_L27
C
PF01016 Ribosomal_L27 56-135 aa
XP_057800578.1
194 aa
N
1
97
194
Ribosomal_L27
C
PF01016 Ribosomal_L27 56-135 aa
XP_057800579.1
194 aa
N
1
97
194
Ribosomal_L27
C
PF01016 Ribosomal_L27 56-135 aa
XP_057800580.1
194 aa
N
1
97
194
Ribosomal_L27
C
PF01016 Ribosomal_L27 56-135 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800576.1 Pfam PF01016 Ribosomal_L27 Family 56 135 1.4e-36 125.1 Ribosomal L27 protein
XP_057800577.1 Pfam PF01016 Ribosomal_L27 Family 56 135 1.4e-36 125.1 Ribosomal L27 protein
XP_057800578.1 Pfam PF01016 Ribosomal_L27 Family 56 135 1.4e-36 125.1 Ribosomal L27 protein
XP_057800579.1 Pfam PF01016 Ribosomal_L27 Family 56 135 1.4e-36 125.1 Ribosomal L27 protein
XP_057800580.1 Pfam PF01016 Ribosomal_L27 Family 56 135 1.4e-36 125.1 Ribosomal L27 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944597.1
ACGCACCTCATAAGATTATAAGAAGTAAAAATCAGGTGCTTCGAGCTCACATACTCCATCGATAAACCAGTCGATAAGGTTTTTATATTTTCCCCACACAAATCCCACCACTTCTGCTCTTCCATTTCTCCAATTGCGAGTTGATTTGCAGATAACAATGGCGGCAGTGAGTTTGAGTTTCAATCTGGCCGGGGCGTTCACAGGACTTTCCATCGGTTCCAGCTCGTCTTCTTCCTTTTTCAGAGGCGATTTCGGTTCAA...
XM_057944594.1
ACGCACCTCATAAGATTATAAGAAGTAAAAATCAGGTGCTTCGAGCTCACATACTCCATCGATAAACCAGTCGATAAGGTTTTTATATTTTCCCCACACAAATCCCACCACTTCTGCTCTTCCATTTCTCCAATTGCGAGTTGATTTGCAGATAACAATGGCGGCAGTGAGTTTGAGTTTCAATCTGGCCGGGGCGTTCACAGGACTTTCCATCGGTTCCAGCTCGTCTTCTTCCTTTTTCAGAGGCGATTTCGGTTCAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131016049
ATGGCGGCAGTGAGTTTGAGTTTCAATCTGGCCGGGGCGTTCACAGGACTTTCCATCGGTTCCAGCTCGTCTTCTTCCTTTTTCAGAGGCGATTTCGGTTCAATTCACGTGGGGCAGAACGCCGCCGTTCTGCTTCCTATGAAGCCGCCGCTGACGATTGAGTCGGCGCACAAGAAAGGAGCTGGAAGCACTAAGAACGGCCGCGACTCACCAGGGCAGAGGCTTGGAGTCAAAATCTTTGGTGATCAAGTCGCCAAGGC...
LOC131016049
ATGGCGGCAGTGAGTTTGAGTTTCAATCTGGCCGGGGCGTTCACAGGACTTTCCATCGGTTCCAGCTCGTCTTCTTCCTTTTTCAGAGGCGATTTCGGTTCAATTCACGTGGGGCAGAACGCCGCCGTTCTGCTTCCTATGAAGCCGCCGCTGACGATTGAGTCGGCGCACAAGAAAGGAGCTGGAAGCACTAAGAACGGCCGCGACTCACCAGGGCAGAGGCTTGGAGTCAAAATCTTTGGTGATCAAGTCGCCAAGGC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057800576.1
MAAVSLSFNLAGAFTGLSIGSSSSSSFFRGDFGSIHVGQNAAVLLPMKPPLTIESAHKKGAGSTKNGRDSPGQRLGVKIFGDQVAKAGSIIVRQRGTKFHPGNNVGLGRDHTIFSLIDGLVKFEKFGPDKKKISVYPREVQPENPNSYRARKRESFRLQRERRRARRELREGIVTQPQLVLASAAEASEDAAAC
XP_057800577.1
MAAVSLSFNLAGAFTGLSIGSSSSSSFFRGDFGSIHVGQNAAVLLPMKPPLTIESAHKKGAGSTKNGRDSPGQRLGVKIFGDQVAKAGSIIVRQRGTKFHPGNNVGLGRDHTIFSLIDGLVKFEKFGPDKKKISVYPREVQPENPNSYRARKRESFRLQRERRRARRELREGIVTQPQLVLASAAEASEDAAAC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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