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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002891

染色体: Chr03 坐标: 45593903-45597355 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002891
名称SmilChr03G002891
描述uncharacterized SmilChr03G002891
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向45593903 - 45597355 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016050
GeneID131016050
locus_tag-
NCBI NameLOC131016050
原始查询SmilChr03G002891

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822323]; symbol=AT3G27050; hit=AT3G27050; species=arabidopsis; confidence=high
产物plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822323]; symbol=AT3G27050; hit=AT3G27050; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G27050 (AT3G27050)
plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822323]
identity=64.6; qcov=0.972; evalue=2.15e-78; confidence=high
RiceOs11g0488600
-
identity=54.6; qcov=0.967; evalue=1.49e-58; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016050

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057800581.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057800581.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057800581.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057800581.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800581.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:45594129 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A1,A20,B107,B108,B109,B120,B139,B3,B47,B56,B58,B60,B63,B95,B96,C22,C41,C56,C57,C76,C79
Chr3:45595565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B73,C23,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944598.1
TAATAATTTTTGAATTTCTGAATTAAATTAAAATATTGATGATTGGGTAGAGGCGTTTGTTTAGCGCGGCTGTTTATCAGAAACGGCTGTTTTCGAGCTCGAAAATGGAGCTCCAAAATTCAGGAATGTTATCTCGAGATCAACTGCTTCATCTCTTTGATCGATTCGCCTCTCTCACCTCGCATCCTGAGGTGAAGAAACGGATTGCTGATGCCGTCAATGACAAGCAGGAGCCTGTAGCTGTAACTACAACAATTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016050
ATGGAGCTCCAAAATTCAGGAATGTTATCTCGAGATCAACTGCTTCATCTCTTTGATCGATTCGCCTCTCTCACCTCGCATCCTGAGGTGAAGAAACGGATTGCTGATGCCGTCAATGACAAGCAGGAGCCTGTAGCTGTAACTACAACAATTCAAGAGGAGATTTTTACGGAGATGGGAGTTGACCCACAGTTTGGCTTATCTTGCTTGGGAAGAGTGAGCTTGGCTTATGAGGATGATCAAGATTTGATGATTCAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800581.1
MELQNSGMLSRDQLLHLFDRFASLTSHPEVKKRIADAVNDKQEPVAVTTTIQEEIFTEMGVDPQFGLSCLGRVSLAYEDDQDLMIQFYGFVAKEEIACEEAELGPERFAERTEMLQHLEAEQLEMLKHMRNFQLDDQSAILEKIHQQMENAGFQPEASLLSVEQIQDIVRRRVTPVFQPI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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