Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002895`

染色体: Chr03 坐标: 45672567-45677452 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002895`
名称	SmilChr03G002895
描述	mitochondrial import receptor subunit TOM20
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	45672567 - 45677452 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016054`
GeneID	`131016054`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016054`
原始查询	`SmilChr03G002895`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial import receptor subunit TOM20
产物	mitochondrial import receptor subunit TOM20
Arabidopsis	`AT3G27080` (TOM20-3) translocase of outer membrane 20 kDa subunit 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822326] identity=55.5; qcov=0.99; evalue=9.1e-80; confidence=high
Rice	`Os01g0921600` (TOM20) - identity=52.5; qcov=0.99; evalue=1.62e-73; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005742 (mitochondrial outer membrane translocase complex); GO:0045040 (protein insertion into mitochondrial outer membrane)
KEGG	-
Pfam	PF06552 (TOM20_plant)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016054

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057800586.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.80000	`XP_057800586.1`
3	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.60000	`XP_057800586.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800586.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800586.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:45676923`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B48
`Chr3:45677211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800586.1

205 aa

102

205

TOM20_plant

PF06552 TOM20_plant 7-195 aa

XP_057800587.1

205 aa

102

205

TOM20_plant

PF06552 TOM20_plant 7-195 aa

XP_057800588.1

205 aa

102

205

TOM20_plant

PF06552 TOM20_plant 7-195 aa

XP_057800589.1

204 aa

102

204

TOM20_plant

PF06552 TOM20_plant 7-194 aa

XP_057800590.1

204 aa

102

204

TOM20_plant

PF06552 TOM20_plant 7-194 aa

XP_057800591.1

204 aa

102

204

TOM20_plant

PF06552 TOM20_plant 7-194 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800586.1`	Pfam	`PF06552`	TOM20_plant	Repeat	7	195	1.7e-89	299.3	Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20
`XP_057800587.1`	Pfam	`PF06552`	TOM20_plant	Repeat	7	195	1.7e-89	299.3	Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20
`XP_057800588.1`	Pfam	`PF06552`	TOM20_plant	Repeat	7	195	1.7e-89	299.3	Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20
`XP_057800589.1`	Pfam	`PF06552`	TOM20_plant	Repeat	7	194	1e-89	300.1	Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20
`XP_057800590.1`	Pfam	`PF06552`	TOM20_plant	Repeat	7	194	1e-89	300.1	Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20
`XP_057800591.1`	Pfam	`PF06552`	TOM20_plant	Repeat	7	194	1e-89	300.1	Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944608.1
GAAAAAGCCCTAACTGCACCTTGAGATTTTTTCCCCTGAATTAAATTAAGAAACCTTAGAAAAGTGAATAGAATTTGCACCGGTAGACCAGAAATATGGAGATGTCGAACGATTTCGATCGCCTTCTTTTCTTCGAGCACACTCGCAGAACCGCTGAAGCAATCTACGCGAAAAACCCTCATGACGCCGAGAATCTAACAAAATGGGGAGGTGTGTTGTTGGAGTTATCGCAGTTTCAGAATGGTCCGGAGTCAAAGCAG...

XM_057944604.1
AAAGCCCTAACTGCACCTTGAGATTTTTTCCCCTGAATTAAATTAAGAAACCTTAGAAAAGTGAATAGAATTTGCACCGGTAGACCAGAAATATGGAGATGTCGAACGATTTCGATCGCCTTCTTTTCTTCGAGCACACTCGCAGAACCGCTGAAGCAATCTACGCGAAAAACCCTCATGACGCCGAGAATCTAACAAAATGGGGAGGTGTGTTGTTGGAGTTATCGCAGTTTCAGAATGGTCCGGAGTCAAAGCAGATG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA

LOC131016054
ATGGAGATGTCGAACGATTTCGATCGCCTTCTTTTCTTCGAGCACACTCGCAGAACCGCTGAAGCAATCTACGCGAAAAACCCTCATGACGCCGAGAATCTAACAAAATGGGGAGGTGTGTTGTTGGAGTTATCGCAGTTTCAGAATGGTCCGGAGTCAAAGCAGATGGTCCAAGATGCTATTGACAAGCTGGAAAAAGCACTGGTTGTTGACCCTAGAAAGCATGACGCACTCTGGTGCCTTGGGAATGCATATACATC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA

XP_057800586.1
MEMSNDFDRLLFFEHTRRTAEAIYAKNPHDAENLTKWGGVLLELSQFQNGPESKQMVQDAIDKLEKALVVDPRKHDALWCLGNAYTSSAFLIPELEEAKVYFDKAAQYFEQAVELEPTNELYQKSLEVTSKAPGLHVEIHKHGLGEQVMAGGPSSSSTSTKQQSTKKSKSSDLKYDIFGWIILAVGIVAWVGFAKSNMPPPPPPR

XP_057800587.1
MEMSNDFDRLLFFEHTRRTAEAIYAKNPHDAENLTKWGGVLLELSQFQNGPESKQMVQDAIDKLEKALVVDPRKHDALWCLGNAYTSSAFLIPELEEAKVYFDKAAQYFEQAVELEPTNELYQKSLEVTSKAPGLHVEIHKHGLGEQVMAGGPSSSSTSTKQQSTKKSKSSDLKYDIFGWIILAVGIVAWVGFAKSNMPPPPPPR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器