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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002930

染色体: Chr03 坐标: 46053309-46056854 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002930
名称SmilChr03G002930
描述uncharacterized SmilChr03G002930
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46053309 - 46056854 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016096
GeneID131016096
locus_tag-
NCBI NameLOC131016096
原始查询SmilChr03G002930

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831544]; symbol=AT5G16810; hit=AT5G16810; species=arabidopsis; confidence=high
产物Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831544]; symbol=AT5G16810; hit=AT5G16810; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G16810 (AT5G16810)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831544]
identity=70.7; qcov=0.899; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0694800
-
identity=63.9; qcov=0.93; evalue=8.6e-175; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016096

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057800659.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057800660.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057800659.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800659.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800659.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46053751 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 68 A1,A15,A2,A25,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B102,B105,B106,B11,B113,B119,B12,B122,B13,B137,B138,B15,B19,B2,B21,B26,B27,B35,B36,B37,B40,B42,B43,B47,B5,B55,B57,B63,B78,B83,B87,B89,B99,C12,C14,C16,C21,C22,C23,C26,C27,C28,C3,C36,C39,C4,C43,C44,C45,C49,C51,C54,C59,C65,C70,C74,C85,D1
Chr3:46054231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:46054830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:46056358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:46056608 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:46056631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:46056656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944677.1
CTTATATTCGCTATAAACTTTTTGTAGCAACTTGATATACAATTATTTTAACGTATGATTTCACCGAGAGTAAGTTGTGAGATATTTTTACACAATACCACGTGGCAGCAAGGCCTATCTTTGATTATCAAGTCTCTCAACAACAAAAAGGAATAGTAATTTAGAGAGAGATTGTGAGGAGATACAATGCTGTTAGCAGCTGATTATCTGTCTCTGCCTTTCCGCCTTTGCTTCTTTAGAATCGGAGAGATCAATCTCAC...
XM_057944676.1
AATTATTTTAACGTATGATTTCACCGAGAGTAAGTTGTGAGATATTTTTACACAATACCACGTGGCAGCAAGGCCTATCTTTGATTATCAAGTCTCTCAACAACAAAAAGGAATAGTAATTTAGAGAGAGATTGTGAGGAGATACAATGCTGTTAGCAGCTGATTATCTGTCTCTGCCTTTCCGCCTTTGCTTCTTTAGAATCGGAGAGATCAATCTCACTTCAGGATTGAATCTCCGTCGCCGACGAGCTGGCGGTCGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016096
ATGCTGTTAGCAGCTGATTATCTGTCTCTGCCTTTCCGCCTTTGCTTCTTTAGAATCGGAGAGATCAATCTCACTTCAGGATTGAATCTCCGTCGCCGACGAGCTGGCGGTCGCTGCTGTAAAGCGTCTCTCATTACGAATTCCGATTCCTTCGAGGTCGGGAGGCTGATTGGCAGTTATGGCTTCATGAACATTACTAGTTACTCTGGGCTGCAATCGGGGACGGATATGGAGTATATGCCGGGAGATGTTGGGAGATT...
LOC131016096
ATGCTGTTAGCAGCTGATTATCTGTCTCTGCCTTTCCGCCTTTGCTTCTTTAGAATCGGAGAGATCAATCTCACTTCAGGATTGAATCTCCGTCGCCGACGAGCTGGCGGTCGCTGCTGTAAAGCGTCTCTCATTACGAATTCCGATTCCTTCGAGGTCGGGAGGCTGATTGGCAGTTATGGCTTCATGAACATTACTAGTTACTCTGGGCTGCAATCGGGGACGGATATGGAGTATATGCCGGGAGATGTTGGGAGATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057800659.1
MLLAADYLSLPFRLCFFRIGEINLTSGLNLRRRRAGGRCCKASLITNSDSFEVGRLIGSYGFMNITSYSGLQSGTDMEYMPGDVGRLRAQDVGEGSVKIRLYEGRIAQGPQRGSPVIFKVYPGQQVGGFEADLMAANELSAHASLQSNSKSIACSNIQVLIGGFETKTGEQWLAFRNDGKYTAAGYAQVASEKMSKYSDVGGQKFWNPFEKSETIKRRRYFITKLLQGAIRGLAYMHDHERLHQSLGPASIALNTIVEKD...
XP_057800660.1
MLLAADYLSLPFRLCFFRIGEINLTSGLNLRRRRAGGRCCKASLITNSDSFEVGRLIGSYGFMNITSYSGLQSGTDMEYMPGDVGRLRAQDVGEGSVKIRLYEGRIAQGPQRGSPVIFKVYPGQQVGGFEADLMAANELSAHASLQSNSKSIACSNIQVLIGGFETKTGEQWLAFRNDGKYTAAGYAQVASEKMSKYSDVGGQKFWNPFEKSETIKRRRYFITKLLQGAIRGLAYMHDHERLHQSLGPASIALNTIVEKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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