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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002931

染色体: Chr03 坐标: 46058865-46062019 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002931
名称SmilChr03G002931
描述heat stress transcription factor A-1b
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46058865 - 46062019 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016089
GeneID131016089
locus_tag-
NCBI NameLOC131016089
原始查询SmilChr03G002931

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat stress transcription factor A-1b
产物heat stress transcription factor A-1b
ArabidopsisAT5G16820 (HSF3)
heat shock factor 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831545]
identity=53.1; qcov=0.998; evalue=2.37e-149; confidence=high
RiceOs03g0854500 (OsHsfA1)
-
identity=51.4; qcov=1.04; evalue=2.36e-159; confidence=high
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00447 (HSF_DNA-bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016089

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800646.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800646.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800646.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800646.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800646.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46059126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr3:46059254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B91,D7
Chr3:46060658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:46060710 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,B75,C33
Chr3:46060765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr3:46060878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr3:46060969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:46061045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:46061285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800646.1
508 aa
N
1
254
508
HSF_DNA-bind
C
PF00447 HSF_DNA-bind 18-107 aa
XP_057800647.1
498 aa
N
1
249
498
HSF_DNA-bind
C
PF00447 HSF_DNA-bind 18-107 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800646.1 Pfam PF00447 HSF_DNA-bind Domain 18 107 2.8e-30 105.5 HSF-type DNA-binding
XP_057800647.1 Pfam PF00447 HSF_DNA-bind Domain 18 107 2.7e-30 105.5 HSF-type DNA-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944663.1
ATGGAGGCTTCTGGGGTTCTATTTTTCTCGATCCCGTTACCGTCAGTAAAAAACGAGCCCATCACTGCTTCCCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCACACATACACACTCTCGCACACATCTCTAGCGCTTTCCTCTTTCTTCTACCCCGCCCCTCTCTCTCTCTAAATTTCCCTTAGTTTGTGATTCAGTAGATATGGAGGCCGGAGGCGGAGGAATTTCAACGGCGGCGACGTCG...
XM_057944664.1
ATGGAGGCTTCTGGGGTTCTATTTTTCTCGATCCCGTTACCGTCAGTAAAAAACGAGCCCATCACTGCTTCCCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCACACATACACACTCTCGCACACATCTCTAGCGCTTTCCTCTTTCTTCTACCCCGCCCCTCTCTCTCTCTAAATTTCCCTTAGTTTGTGATTCAGTAGATATGGAGGCCGGAGGCGGAGGAATTTCAACGGCGGCGACGTCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016089
ATGGAGGCCGGAGGCGGAGGAATTTCAACGGCGGCGACGTCGCCGCCGCCGTTTCTGAGTAAGACTTACGACATGGTGGATGATCCGGCGACGGATGCGGTGGTGTCGTGGAGCAAGAACAACAACAGCTTCGTTGTCTGGAACGTGCCGGAGTTCGCTAGAGACCTTTTGCCTAAGTATTTCAAGCACAATAATTTCTCCAGCTTCGTTCGCCAGTTGAATACTTATGGCTTCAGGAAAGTTGATCCCGATCGTTGGGA...
LOC131016089
ATGGAGGCCGGAGGCGGAGGAATTTCAACGGCGGCGACGTCGCCGCCGCCGTTTCTGAGTAAGACTTACGACATGGTGGATGATCCGGCGACGGATGCGGTGGTGTCGTGGAGCAAGAACAACAACAGCTTCGTTGTCTGGAACGTGCCGGAGTTCGCTAGAGACCTTTTGCCTAAGTATTTCAAGCACAATAATTTCTCCAGCTTCGTTCGCCAGTTGAATACTTATGGCTTCAGGAAAGTTGATCCCGATCGTTGGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057800646.1
MEAGGGGISTAATSPPPFLSKTYDMVDDPATDAVVSWSKNNNSFVVWNVPEFARDLLPKYFKHNNFSSFVRQLNTYGFRKVDPDRWEFANEGFLRGRKHLLKTINRRKTSHAQGQQQNVQVQNPSVPSCIEVGKFGIEEEVERLKRDKNLLMQELVRLRQQQQSTDSQLQTVGQRVHVMEQRQTQMMSFLAKAMQSPGFVSQLVHQQNDSGRHISGANKKRRLPNQDEESLARKLSITSPDGQIVKYQPLMNEAAKAMLR...
XP_057800647.1
MEAGGGGISTAATSPPPFLSKTYDMVDDPATDAVVSWSKNNNSFVVWNVPEFARDLLPKYFKHNNFSSFVRQLNTYGFRKVDPDRWEFANEGFLRGRKHLLKTINRRKTSHAQGQQQNVQVQNPSVPSCIEVGKFGIEEEVERLKRDKNLLMQELVRLRQQQQSTDSQLQTVGQRVHVMEQRQTQMMSFLAKAMQSPGFVSQLVHQQNDSGRHISGANKKRRLPNQDEESLARKLSITSPDGQIVKYQPLMNEAAKAMLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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