Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002942

染色体: Chr03 坐标: 46132367-46137049 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002942
名称SmilChr03G002942
描述cellulose synthase-like protein D3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46132367 - 46137049 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016063
GeneID131016063
locus_tag-
NCBI NameLOC131016063
原始查询SmilChr03G002942

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cellulose synthase-like protein D3
产物cellulose synthase-like protein D3
ArabidopsisAT3G03050 (CSLD3)
cellulose synthase-like D3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821148]
identity=80.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0111800 (OsCSLD2)
-
identity=79.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009833 (plant-type primary cell wall biogenesis); GO:0016760 (cellulose synthase (UDP-forming) activity); GO:0030244 (cellulose biosynthetic process); GO:0051753 (mannan synthase activity)
KEGG-
PfamPF03552 (Cellulose_synt); PF14570 (zf-RING_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016063

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057800600.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057800600.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057800600.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800600.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800600.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46133396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B33,C87
Chr3:46133399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:46133439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr3:46133457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr3:46133501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:46133531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr3:46133772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B64,C24
Chr3:46133983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B6,C34
Chr3:46134050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B64,C24
Chr3:46134174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr3:46134286 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 D7
Chr3:46134286 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800600.1
1147 aa
N
1
574
1147
zf-RING_4
Cellulose_synt
C
PF14570 zf-RING_4 132-181 aa PF03552 Cellulose_synt 377-1135 aa
XP_057800601.1
1147 aa
N
1
574
1147
zf-RING_4
Cellulose_synt
C
PF14570 zf-RING_4 132-181 aa PF03552 Cellulose_synt 377-1135 aa
XP_057800603.1
1147 aa
N
1
574
1147
zf-RING_4
Cellulose_synt
C
PF14570 zf-RING_4 132-181 aa PF03552 Cellulose_synt 377-1135 aa
XP_057800604.1
1147 aa
N
1
574
1147
zf-RING_4
Cellulose_synt
C
PF14570 zf-RING_4 132-181 aa PF03552 Cellulose_synt 377-1135 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800600.1 Pfam PF14570 zf-RING_4 Domain 132 181 9.2e-18 64.5 RING/Ubox like zinc-binding domain
XP_057800600.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 377 1135 0 1254.8 Cellulose synthase
XP_057800601.1 Pfam PF14570 zf-RING_4 Domain 132 181 9.2e-18 64.5 RING/Ubox like zinc-binding domain
XP_057800601.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 377 1135 0 1254.8 Cellulose synthase
XP_057800603.1 Pfam PF14570 zf-RING_4 Domain 132 181 9.2e-18 64.5 RING/Ubox like zinc-binding domain
XP_057800603.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 377 1135 0 1254.8 Cellulose synthase
XP_057800604.1 Pfam PF14570 zf-RING_4 Domain 132 181 9.2e-18 64.5 RING/Ubox like zinc-binding domain
XP_057800604.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 377 1135 0 1254.8 Cellulose synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944617.1
TCATGTTCAGAGCTGCGTGCCGCCTCTCTTATATAAACTCACTAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGAGTTTACGCACATTAGGCGATCGAAGATTGAAACTGTAGATTAATAATGCTCTCTCTCAAGGGCAACATGCTTCTGTAATCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAATTTTAAGCCAAGTGGAGAGTGCCGGCGAGCATTACTGAATACATACACAAATTGTCTTCACCTCTTTGTAGGATCTAA...
XM_057944618.1
TTACGCACATTAGGCGATCGAAGATTGAAACTGTAGATTAATAATGCTCTCTCTCAAGGGCAACATGCTTCTGTAATCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAATTTTAAGCCAAGTGGAGAGTGCCGGCGAGCATTACTGAATACATACACAAATTGTCTTCACCTCTTTGTAGGTATAACTTCCGCCCACCATTTTTACTTTTATTATATATCCGTTTTGCATAGTGAATCTTATGGTTGCACTTGCATCTCA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131016063
ATGGCGTCTAAATCGTTTAAGGCGAGTAGATCAAATTTATCCACAGATTCTGAGATGATGGAGTCTCAGAATGGGAGGCCGCCGCTGCCTCCGCCATCTCACGTCACATTTGCTCGTCGGACCTCATCAGGCCGCTATGTCAGCTACTCTAGGGATGATCTCGACAGCGAGCTAGGCAATGGCGACTTTCTGGACTACACGGTCCACATCCCCCTCACCCCCGACAACCAGCCTAGTAACCCCGTCACACAGAAGGTCGA...
LOC131016063
ATGGCGTCTAAATCGTTTAAGGCGAGTAGATCAAATTTATCCACAGATTCTGAGATGATGGAGTCTCAGAATGGGAGGCCGCCGCTGCCTCCGCCATCTCACGTCACATTTGCTCGTCGGACCTCATCAGGCCGCTATGTCAGCTACTCTAGGGATGATCTCGACAGCGAGCTAGGCAATGGCGACTTTCTGGACTACACGGTCCACATCCCCCTCACCCCCGACAACCAGCCTAGTAACCCCGTCACACAGAAGGTCGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057800600.1
MASKSFKASRSNLSTDSEMMESQNGRPPLPPPSHVTFARRTSSGRYVSYSRDDLDSELGNGDFLDYTVHIPLTPDNQPSNPVTQKVEEQYVSSSLFTGGFNSMTRAHLMDKVIDSDASHPQMAGAKGSSCSVAGCDGKVMSDERGNDILPCECDFKICRDCYIDVLKTGDGICPGCKEQYNAADLDEERENWPSLPQLPPPPSGMSKVERRLSLMKSTKSMLMRSQTGDFDHNRWLFETKGTYGYGNAIWPKEGGYDDGK...
XP_057800601.1
MASKSFKASRSNLSTDSEMMESQNGRPPLPPPSHVTFARRTSSGRYVSYSRDDLDSELGNGDFLDYTVHIPLTPDNQPSNPVTQKVEEQYVSSSLFTGGFNSMTRAHLMDKVIDSDASHPQMAGAKGSSCSVAGCDGKVMSDERGNDILPCECDFKICRDCYIDVLKTGDGICPGCKEQYNAADLDEERENWPSLPQLPPPPSGMSKVERRLSLMKSTKSMLMRSQTGDFDHNRWLFETKGTYGYGNAIWPKEGGYDDGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器