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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002946

染色体: Chr03 坐标: 46198180-46201533 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002946
名称SmilChr03G002946
描述uncharacterized SmilChr03G002946
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46198180 - 46201533 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016098
GeneID131016098
locus_tag-
NCBI NameLOC131016098
原始查询SmilChr03G002946

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0114600; species=rice; confidence=high
产物hit=Os06g0114600; species=rice; confidence=high
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0114600
-
identity=49; qcov=0.894; evalue=1.59e-120; confidence=high
GOGO:0000184 (nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016098

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057800662.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057800662.1
3 Phragmoplast Phragmoplast 0.20000 XP_057800662.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800662.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800662.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46198420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C44
Chr3:46198423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B126,B54,C47,C87
Chr3:46198746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,C15,C20
Chr3:46198764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B11,B126,B48,C87
Chr3:46198961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C44
Chr3:46199512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C26
Chr3:46199538 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D11
Chr3:46199538 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 D11
Chr3:46199973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C44
Chr3:46199990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C26
Chr3:46200018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:46201128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B4,C19,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944679.1
GTTGAAATTTTTCGTGGGATGCAAAAACACTTCATGACATAGTTAAAGATATATTGAGTCGAAAATTTTAATTTTAAATAAATACAAAAGGCAAAACAGATATTAGCAGCATCTGGCCTGATAATAAAATTATAAAATTGTCTTGTACAAAAGTTTGCTCAATCGATAATAATATTCAGAATCTGCCACTCTCTCATTGTCTAAATTATCTAATTGTAGCTTCGATAATGGCGGGCAGCGGCGGCGGAACCTCGACCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016098
ATGGCGGGCAGCGGCGGCGGAACCTCGACCCCAAATACAGCCCCCAAAATATTGCTATCAAAGCCTGGCCTTGTCTCCGCAGGCAAATTCAATAGAGGCGGCGGTGGTGGTGGAGCCGAGGAGGACGCTGCGGCGCTCCGCTCTCGCCTTCCGTCCCTTGGGTCGCTTAATCTCCTCTCTGATTCGTGGGATTTCCAGATTGATCGATTTTTACCGTTTTTGACGGATAACACTGAGTTTACAGTGGTGGGTGTAATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800662.1
MAGSGGGTSTPNTAPKILLSKPGLVSAGKFNRGGGGGGAEEDAAALRSRLPSLGSLNLLSDSWDFQIDRFLPFLTDNTEFTVVGVIGPPGVGKSTILNEIYGFNSWSPGMLPPFGVVSEETRATARHSTVGIEPRVSAERIILLDTQPVFSPSVLAEMIRPDGSSTMSVISGESLSAELAHEMMSIQLGILLASICHIIIVVSEGVHDASMWRLMLTVDLLKHGIPDPSSTTLSHPHSSTMSSDKEVSNKPLESGDEYMA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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