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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002960

染色体: Chr03 坐标: 46357573-46360106 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002960
名称SmilChr03G002960
描述pentatricopeptide repeat-containing protein CRP1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46357573 - 46360106 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016084
GeneID131016084
locus_tag-
NCBI NameLOC131016084
原始查询SmilChr03G002960

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein CRP1, chloroplastic-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein CRP1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G42310 (AT5G42310)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834236]
identity=37.1; qcov=0.849; evalue=4.99e-108; confidence=medium
RiceOs06g0710800
-
identity=54.9; qcov=0.853; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016084

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057800642.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057800642.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057800642.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800642.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800642.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46357812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr3:46358211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C37
Chr3:46358232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B49,B79,B82
Chr3:46358267 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B95,C59
Chr3:46358276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B95,C59
Chr3:46358277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B101,B78,B8
Chr3:46358891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:46358915 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:46359168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr3:46359456 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 6 B130,B69,B8,B90,C38,C85
Chr3:46359537 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B30
Chr3:46359537 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800642.1
517 aa
N
1
258
517
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_long
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_3
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
C
PF01535 PPR 81-109 aa PF13041 PPR_2 81-124 aa PF13812 PPR_3 101-159 aa PF01535 PPR 116-144 aa PF13812 PPR_3 136-195 aa PF01535 PPR 152-179 aa PF23276 TPR_24 155-279 aa PF13812 PPR_3 170-230 aa PF01535 PPR 186-214 aa PF13041 PPR_2 186-226 aa PF17177 PPR_long 203-311 aa PF23276 TPR_24 232-298 aa PF13812 PPR_3 242-297 aa PF12854 PPR_1 248-281 aa PF01535 PPR 256-283 aa PF12854 PPR_1 284-316 aa PF13041 PPR_2 287-323 aa PF01535 PPR 291-320 aa PF13812 PPR_3 310-370 aa PF13812 PPR_3 386-439 aa PF01535 PPR 396-424 aa PF23276 TPR_24 404-493 aa PF13812 PPR_3 415-474 aa PF13041 PPR_2 428-474 aa PF01535 PPR 431-460 aa PF13812 PPR_3 451-498 aa PF13041 PPR_2 462-499 aa PF01535 PPR 465-495 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800642.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 81 109 1.1e-51 170.2 PPR repeat
XP_057800642.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 81 124 1.1e-67 224.7 PPR repeat family
XP_057800642.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 101 159 1.5e-48 163.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800642.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 116 144 1.1e-51 170.2 PPR repeat
XP_057800642.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 136 195 1.5e-48 163.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800642.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 152 179 1.1e-51 170.2 PPR repeat
XP_057800642.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 155 279 7.7e-33 113.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057800642.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 170 230 1.5e-48 163.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800642.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 186 214 1.1e-51 170.2 PPR repeat
XP_057800642.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 186 226 1.1e-67 224.7 PPR repeat family
XP_057800642.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 203 311 6.2e-25 88.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057800642.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 232 298 7.7e-33 113.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057800642.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 242 297 1.5e-48 163.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800642.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 248 281 2.4e-45 152.6 PPR repeat
XP_057800642.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 256 283 1.1e-51 170.2 PPR repeat
XP_057800642.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 284 316 2.4e-45 152.6 PPR repeat
XP_057800642.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 287 323 1.1e-67 224.7 PPR repeat family
XP_057800642.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 291 320 1.1e-51 170.2 PPR repeat
XP_057800642.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 310 370 1.5e-48 163.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800642.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 386 439 1.5e-48 163.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800642.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 396 424 1.1e-51 170.2 PPR repeat
XP_057800642.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 404 493 7.7e-33 113.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057800642.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 415 474 1.5e-48 163.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800642.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 428 474 1.1e-67 224.7 PPR repeat family
XP_057800642.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 431 460 1.1e-51 170.2 PPR repeat
XP_057800642.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 451 498 1.5e-48 163.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800642.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 462 499 1.1e-67 224.7 PPR repeat family
XP_057800642.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 465 495 1.1e-51 170.2 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944659.1
ATACACAAAAATATTAATCAGAGCCTGGACAAAGAGTCATTGTCTTCAAGTTCAGATCAAAAGAAGTTCTTTTCGTTAAAAGGTAATAGTACTCTATTAAGGTGTAAAGGGAATTTTACATGCCAAGAAAGATTTCAATTTACCGTAGCATTGCGCGCGCGAGGCAAAGCAAAGCAGTTGTTCCGCTGCAAAGTTATGGAGATGCAGCAAATGATGCTACCTAGACCACACTCCCTCGCAATTCTTCACAAATTTTCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016084
ATGGAGATGCAGCAAATGATGCTACCTAGACCACACTCCCTCGCAATTCTTCACAAATTTTCATTCGTTCTTCCATTTTTCTTCAAATTTAGCCACAAATTCGCAATACCCATTTCATTAAGTCCTTTGGGAATGCCTAGAAGCAAATTCATGAAAGAATATGATTCGGAATCGGTTAGTTTATCACTGAGTGATGTTTCGGAGCATGCGGCTTCCAACTGCAAGGAGATTTCATGGGATACGTACAACGAGATGCTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800642.1
MEMQQMMLPRPHSLAILHKFSFVLPFFFKFSHKFAIPISLSPLGMPRSKFMKEYDSESVSLSLSDVSEHAASNCKEISWDTYNEMLCELCEEGEVDDAMALLSQMEALGYRPNSASYSCLITSLGDVGRTLEADAIFQEMVISGGRPKIRLFNAMLKSCLRKGLLELSDKVLRAIDDMGLERNRKTFEILIEYYVSAGRLNDTWLVLAEMKRKGYDPNSYVYSKIIEIYRDNGMWKKAMGVVAEIRAMGMMMDRRIYGSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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