Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002962`

染色体: Chr03 坐标: 46385171-46386008 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002962`
名称	SmilChr03G002962
描述	uncharacterized SmilChr03G002962
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	46385171 - 46386008 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016118`
GeneID	`131016118`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016118`
原始查询	`SmilChr03G002962`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011]; symbol=AT2G15220; hit=AT2G15220; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011]; symbol=AT2G15220; hit=AT2G15220; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G15220` (AT2G15220) Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011] identity=42.1; qcov=0.987; evalue=1.22e-56; confidence=medium
Rice	`Os10g0490800` - identity=42.1; qcov=0.899; evalue=3.72e-53; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04450 (BSP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016118

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057800714.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057800714.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800714.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800714.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800714.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:46385223`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B11,B48,C8
`Chr3:46385230`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	21	A23,A24,B107,B127,B22,B23,B3,B46,B5,B53,B54,B62,B66,B68,B94,C18,C2,C65,C79,C87,D2
`Chr3:46385250`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C17
`Chr3:46385250`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C17
`Chr3:46385262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B59,B88,C18,D9
`Chr3:46385325`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B38,B39,C38,D11
`Chr3:46385326`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B38,B39,C38,D11
`Chr3:46385375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr3:46385395`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C31
`Chr3:46385396`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B38
`Chr3:46385414`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C7
`Chr3:46385414`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800714.1

238 aa

119

238

BSP

PF04450 BSP 21-225 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800714.1`	Pfam	`PF04450`	BSP	Family	21	225	1.4e-53	182.5	Peptidase of plants and bacteria

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944731.1
CTCTATATATACACCGCAAAACCAATTTTAATTTCATCACATATCAAACCAAATAAAAACATAAAAAAAATTTAATCATGGCAACCAAAACCCTTCACTTGTCCCTCGTCGCTCTCTCACTACTCCAAGGCATCCTCGCCGTCCGATTCACGGCCACCAACAACGCCTCCGCCACCCCCGGCGGGCAGCGCTTCGACCGGGAGATCGGCACCGCCTACACCCTGACCACAATGCCCAAAATCGCCAGCTTCATATGGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016118
ATGGCAACCAAAACCCTTCACTTGTCCCTCGTCGCTCTCTCACTACTCCAAGGCATCCTCGCCGTCCGATTCACGGCCACCAACAACGCCTCCGCCACCCCCGGCGGGCAGCGCTTCGACCGGGAGATCGGCACCGCCTACACCCTGACCACAATGCCCAAAATCGCCAGCTTCATATGGAAGATATTCGGGCAAGCCACGGAAGCGGAGCGGCGGCACTACTACCCGAACGACGTCGTAAACCTGTACGTGCAAGACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800714.1
MATKTLHLSLVALSLLQGILAVRFTATNNASATPGGQRFDREIGTAYTLTTMPKIASFIWKIFGQATEAERRHYYPNDVVNLYVQDLQDGALGETGDNNVYMSAKGIETYPPGDATRFMFTSILYHEMTHIFQWSGKGTAPGGLTEGFADYVVLKSPFYVEGYSTPGEGSRWDEGYGVTSRFLEYCDGLREGFAAELNKKMREVYKEEYWKELLGKDVDQLWEEYKAKYSNVPASLHH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器