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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002966`

染色体: Chr03 坐标: 46399994-46408483 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002966`
名称	SmilChr03G002966
描述	5'-3' exoribonuclease 3-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	46399994 - 46408483 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016073`
GeneID	`131016073`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016073`
原始查询	`SmilChr03G002966`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	5'-3' exoribonuclease 3-like
产物	5'-3' exoribonuclease 3-like
Arabidopsis	`AT1G54490` (XRN4) exoribonuclease 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841891] identity=54.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0794800` (OsXrn4) - identity=54.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000956 (nuclear-transcribed mRNA catabolic process); GO:0003723 (RNA binding); GO:0004534 (5'-3' RNA exonuclease activity); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03159 (XRN_N); PF17846 (XRN_M)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016073

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057800629.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057800629.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057800629.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800629.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800629.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:46400654`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:46401105`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:46401106`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B74,C25,C77
`Chr3:46401124`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,C6,C73,C75
`Chr3:46401128`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr3:46401688`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:46401838`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:46401877`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,C18,D5
`Chr3:46402143`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:46402312`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:46402910`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,D10
`Chr3:46402913`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800629.1

791 aa

396

791

XRN_N

XRN_M

PF03159 XRN_N 1-249 aa PF17846 XRN_M 316-407 aa PF17846 XRN_M 426-712 aa

XP_057800630.1

721 aa

360

721

XRN_N

XRN_M

PF03159 XRN_N 1-249 aa PF17846 XRN_M 316-407 aa PF17846 XRN_M 426-712 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800629.1`	Pfam	`PF03159`	XRN_N	Family	1	249	2.4e-99	332.4	XRN 5'-3' exonuclease N-terminus
`XP_057800629.1`	Pfam	`PF17846`	XRN_M	Domain	316	407	8.5e-149	497.0	Xrn1 helical domain
`XP_057800629.1`	Pfam	`PF17846`	XRN_M	Domain	426	712	8.5e-149	497.0	Xrn1 helical domain
`XP_057800630.1`	Pfam	`PF03159`	XRN_N	Family	1	249	1.9e-99	332.7	XRN 5'-3' exonuclease N-terminus
`XP_057800630.1`	Pfam	`PF17846`	XRN_M	Domain	316	407	6.2e-149	497.5	Xrn1 helical domain
`XP_057800630.1`	Pfam	`PF17846`	XRN_M	Domain	426	712	6.2e-149	497.5	Xrn1 helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944646.1
AGAGTATAAGAAATTTCAAACGGTCGAGCTATTCGGCTCTTAACCCTCCAAAACAAATTGAGCTGCAACTTTTGAAGCTAACTATTGTTTCAGTTTAATTATTATTTCAATTTTAATTTAATTCTCAGAGAATGGGAATTCCGGCGTTTTACCGGTGGCTGATCGAGAGGTACCCGCGGTCAGTAGTCCCTGTGTTGGAGGATACGCCGCCGGTCGTTAACGGAATTAGGTTGCCCGTCGACGTTACGAAGACGAACCCT...

XM_057944647.1
CCAAAACAAATTGAGCTGCAACTTTTGAAGCTAACTATTGTTTCAGTTTAATTATTATTTCAATTTTAATTTAATTCTCAGAGAATGGGAATTCCGGCGTTTTACCGGTGGCTGATCGAGAGGTACCCGCGGTCAGTAGTCCCTGTGTTGGAGGATACGCCGCCGGTCGTTAACGGAATTAGGTTGCCCGTCGACGTTACGAAGACGAACCCTAACGGCGTCGAGTACGACAACCTGTATCTCGACATGAACGGCATTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131016073
ATGGGAATTCCGGCGTTTTACCGGTGGCTGATCGAGAGGTACCCGCGGTCAGTAGTCCCTGTGTTGGAGGATACGCCGCCGGTCGTTAACGGAATTAGGTTGCCCGTCGACGTTACGAAGACGAACCCTAACGGCGTCGAGTACGACAACCTGTATCTCGACATGAACGGCATTATACATCCGTGTTTTCATCCTGAAAACGGGTCCACTCCGAAATCTTACGACGAGGTATTTGCGGCGGTTTTCAAGTATATCGATCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057800629.1
MGIPAFYRWLIERYPRSVVPVLEDTPPVVNGIRLPVDVTKTNPNGVEYDNLYLDMNGIIHPCFHPENGSTPKSYDEVFAAVFKYIDQIFSLVRPRKVLFMAIDGVAPRAKMNQQRARRFRAAKDAADTASVLEKQGSDYVKKDEHSESKLLDSNLITPGTEFMESLSSALQYYVHLRINNDPGWKGVKVILSDATVPGEGEHKIMSYIRLQRNLPGFDPNTRHCLYGLDADLIMLALATHEVHFSVLRESAPPDGKGHQT...

XP_057800630.1
MGIPAFYRWLIERYPRSVVPVLEDTPPVVNGIRLPVDVTKTNPNGVEYDNLYLDMNGIIHPCFHPENGSTPKSYDEVFAAVFKYIDQIFSLVRPRKVLFMAIDGVAPRAKMNQQRARRFRAAKDAADTASVLEKQGSDYVKKDEHSESKLLDSNLITPGTEFMESLSSALQYYVHLRINNDPGWKGVKVILSDATVPGEGEHKIMSYIRLQRNLPGFDPNTRHCLYGLDADLIMLALATHEVHFSVLRESAPPDGKGHQT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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