当前解析结果
SmilChr03G002970| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002970 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002970 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G002970 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 46498521 - 46502501 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018881 |
|---|---|
| GeneID | 131018881 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018881 |
| 原始查询 | SmilChr03G002970 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G24255 (AT3G24255)RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=28.1; qcov=0.357; evalue=9.27e-45; confidence=low |
| Rice | Os03g0643433- identity=25.9; qcov=0.442; evalue=1.09e-51; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018881 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057803558.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057803558.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057803558.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803558.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803558.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:46498577 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr3:46498622 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr3:46498653 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,C70 |
Chr3:46498693 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B71,B96,C48,C50,C70 |
Chr3:46498696 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B140,B69,C33 |
Chr3:46498701 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C60,C74 |
Chr3:46498702 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr3:46498749 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,C36 |
Chr3:46498751 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,B90,C54,D5 |
Chr3:46498803 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr3:46498814 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B13,B20,C10,C55 |
Chr3:46498821 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C54 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803558.1PF00078
RVT_1 411-589 aa
PF13966
zf-RVT 846-925 aa
PF13456
RVT_3 1055-1174 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803558.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 411 | 589 | 1.8e-13 | 51.5 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057803558.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 846 | 925 | 1.5e-18 | 68.0 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057803558.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 1055 | 1174 | 8.1e-16 | 58.8 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。