Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002971

染色体: Chr03 坐标: 46506964-46507737 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002971
名称SmilChr03G002971
描述uncharacterized protein At2g29880-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46506964 - 46507737 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018882
GeneID131018882
locus_tag-
NCBI NameLOC131018882
原始查询SmilChr03G002971

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839894]; symbol=AT1G30140; hit=AT1G30140; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839894]; symbol=AT1G30140; hit=AT1G30140; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G30140 (AT1G30140)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839894]
identity=42.1; qcov=0.988; evalue=1.55e-43; confidence=medium
RiceOs04g0590366
-
identity=26.4; qcov=0.54; evalue=9.46e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF12776 (Myb_DNA-bind_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018882

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803559.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057803559.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803559.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803559.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803559.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46506972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr3:46506990 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 2 A20,C81
Chr3:46506990 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 2 A20,C81
Chr3:46507088 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C33
Chr3:46507106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B120,B29
Chr3:46507129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803559.1
161 aa
N
1
80
161
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 18-114 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803559.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 18 114 4.9e-18 66.6 Myb/SANT-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947576.1
ATGGAAGACTCTCAACCACAAGATTCCAAAAAAAGGGCAGTGTATGAAGCATGGACAAAGGAACAAAGTGATGCATTGTTAGATATTCTGGTTGAGTCTGCACATAGGGGATGGCGCGATAATAGTGGTTTATTTAGCAAAGCCACAGTAGAGGAAATGATATTGCCTGTTCTGAATGAAAGACTTAGGTGCAATAAAAATTATAATCACTTCCAAAGTAGTATCAAATGGTTTAAGAGCCGTTGGAATGCTTATTCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018882
ATGGAAGACTCTCAACCACAAGATTCCAAAAAAAGGGCAGTGTATGAAGCATGGACAAAGGAACAAAGTGATGCATTGTTAGATATTCTGGTTGAGTCTGCACATAGGGGATGGCGCGATAATAGTGGTTTATTTAGCAAAGCCACAGTAGAGGAAATGATATTGCCTGTTCTGAATGAAAGACTTAGGTGCAATAAAAATTATAATCACTTCCAAAGTAGTATCAAATGGTTTAAGAGCCGTTGGAATGCTTATTCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803559.1
MEDSQPQDSKKRAVYEAWTKEQSDALLDILVESAHRGWRDNSGLFSKATVEEMILPVLNERLRCNKNYNHFQSSIKWFKSRWNAYSTLLKFNSGFGYDNNTKKFTAPDEAWDAYIEAHPKDAYLRAVSFSNFEDLGLAVGNGVAVGRSAIGVGSATDARTI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器