Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002981

染色体: Chr03 坐标: 46632516-46636803 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002981
名称SmilChr03G002981
描述probable ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46632516 - 46636803 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016129
GeneID131016129
locus_tag-
NCBI NameLOC131016129
原始查询SmilChr03G002981

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
产物probable ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
ArabidopsisAT1G04635 (EMB1687)
ribonuclease P family protein / Rpp14 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839460]
identity=56.1; qcov=1.01; evalue=1.92e-57; confidence=high
RiceOs04g0295100
-
identity=53.7; qcov=1.05; evalue=5.38e-56; confidence=high
GOGO:0001682 (tRNA 5'-leader removal); GO:0030677 (ribonuclease P complex)
KEGGsmil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01900 (RNase_P_Rpp14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016129

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800731.1
2 Nucleolus 核仁 0.60000 XP_057800731.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057800731.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057800731.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800731.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46633820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B23,B44,C44
Chr3:46633889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr3:46634997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:46635016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C37
Chr3:46635057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,B4,B50,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800731.1
154 aa
N
1
77
154
RNase_P_Rpp14
C
PF01900 RNase_P_Rpp14 7-115 aa
XP_057800732.1
154 aa
N
1
77
154
RNase_P_Rpp14
C
PF01900 RNase_P_Rpp14 7-115 aa
XP_057800733.1
154 aa
N
1
77
154
RNase_P_Rpp14
C
PF01900 RNase_P_Rpp14 7-115 aa
XP_057800734.1
154 aa
N
1
77
154
RNase_P_Rpp14
C
PF01900 RNase_P_Rpp14 7-115 aa
XP_057800735.1
154 aa
N
1
77
154
RNase_P_Rpp14
C
PF01900 RNase_P_Rpp14 7-115 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800731.1 Pfam PF01900 RNase_P_Rpp14 Family 7 115 1.6e-29 102.7 Rpp14/Pop5 family
XP_057800732.1 Pfam PF01900 RNase_P_Rpp14 Family 7 115 1.6e-29 102.7 Rpp14/Pop5 family
XP_057800733.1 Pfam PF01900 RNase_P_Rpp14 Family 7 115 1.6e-29 102.7 Rpp14/Pop5 family
XP_057800734.1 Pfam PF01900 RNase_P_Rpp14 Family 7 115 1.6e-29 102.7 Rpp14/Pop5 family
XP_057800735.1 Pfam PF01900 RNase_P_Rpp14 Family 7 115 1.6e-29 102.7 Rpp14/Pop5 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944748.1
AACAGGCCTTTCCATCGGGCTTATGACGGGCCGATCCATCATTCACAGTTGAGAATTTTATAGAGTAATTACATCAAAGATTGAGGACTTGTAGGTTAAATTTTCTGAAAATATCTTTGGGCGTTAAACCCTCCACCAATTATCTCCGCGCCGTTCTCCACCATCATCGCCGGCGGCTAAACTGACTGGAAACCATATTATCCTTGGATTTTTTTGCCATAAACATGGTTGGCTTTAAGAATAGGTACTTGATAATGGAG...
XM_057944749.1
AACAGGCCTTTCCATCGGGCTTATGACGGGCCGATCCATCATTCACAGTTGAGAATTTTATAGAGTAATTACATCAAAGATTGAGGACTTGTAGGTTAAATTTTCTGAAAATATCTTTGGGCGTTAAACCCTCCACCAATTATCTCCGCGCCGTTCTCCACCATCATCGCCGGCGGCTAAACTGACTGGAAACCATATTATCCTTGGATTTTTTTGCCATAAACATGGTTGGCTTTAAGAATAGGTACTTGATAATGGAG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131016129
ATGGTTGGCTTTAAGAATAGGTACTTGATAATGGAGGTCTTTCTGGATCCAAATAAAGAATTTTCCGTGGATGAACCCATTAAAATCACCACTAAGAATTTATGGGAAGCAATTGGAAAAAGCATTCTTGCGAACTTTGGGGAATGTGGTCTAGCTTCAGCCATGAATTCATCTAAGGTGAAGTATGTGAATCCAACTACAAAACTCGTCATAGTTAGAACTTCAAGAGAGGACTACCAGAAAATTTGGGCTGCGATTAC...
LOC131016129
ATGGTTGGCTTTAAGAATAGGTACTTGATAATGGAGGTCTTTCTGGATCCAAATAAAGAATTTTCCGTGGATGAACCCATTAAAATCACCACTAAGAATTTATGGGAAGCAATTGGAAAAAGCATTCTTGCGAACTTTGGGGAATGTGGTCTAGCTTCAGCCATGAATTCATCTAAGGTGAAGTATGTGAATCCAACTACAAAACTCGTCATAGTTAGAACTTCAAGAGAGGACTACCAGAAAATTTGGGCTGCGATTAC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057800731.1
MVGFKNRYLIMEVFLDPNKEFSVDEPIKITTKNLWEAIGKSILANFGECGLASAMNSSKVKYVNPTTKLVIVRTSREDYQKIWAAITMIKSVGHCPVVFNLLDLSGSIKACKTAALKLDELKFEQYKLSAGDRLTADAHQEMQNCLETIKLLEH
XP_057800732.1
MVGFKNRYLIMEVFLDPNKEFSVDEPIKITTKNLWEAIGKSILANFGECGLASAMNSSKVKYVNPTTKLVIVRTSREDYQKIWAAITMIKSVGHCPVVFNLLDLSGSIKACKTAALKLDELKFEQYKLSAGDRLTADAHQEMQNCLETIKLLEH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器