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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002986

染色体: Chr03 坐标: 46684796-46687256 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002986
名称SmilChr03G002986
描述F-box protein At5g07610-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46684796 - 46687256 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016101
GeneID131016101
locus_tag-
NCBI NameLOC131016101
原始查询SmilChr03G002986

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box protein At5g07610-like
产物F-box protein At5g07610-like
ArabidopsisAT5G07610 (AT5G07610)
F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830654]
identity=26.5; qcov=1.15; evalue=1.1e-28; confidence=low
RiceOs02g0630000 (OsFbox102)
-
identity=28.6; qcov=0.653; evalue=5.28e-13; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF07734 (FBA_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016101

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800665.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057800666.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057800665.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800665.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800665.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46684908 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 26 A1,A8,B102,B107,B108,B132,B26,B3,B30,B36,B42,B43,B47,B64,C16,C17,C24,C30,C35,C41,C5,C56,C6,C7,C75,C76
Chr3:46684912 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 26 A1,A8,B102,B107,B108,B132,B26,B3,B30,B36,B42,B43,B47,B64,C16,C17,C24,C30,C35,C41,C5,C56,C6,C7,C75,C76
Chr3:46685086 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B74
Chr3:46685086 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B74
Chr3:46685153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:46685206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B38,B39,B76
Chr3:46685328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr3:46685446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:46685538 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B118
Chr3:46685538 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B118
Chr3:46685679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A18,B133,B90
Chr3:46685701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800665.1
392 aa
N
1
196
392
F-box
FBA_1
C
PF00646 F-box 29-63 aa PF07734 FBA_1 124-245 aa
XP_057800666.1
369 aa
N
1
184
369
F-box
FBA_1
C
PF00646 F-box 6-40 aa PF07734 FBA_1 101-222 aa
XP_057800668.1
369 aa
N
1
184
369
F-box
FBA_1
C
PF00646 F-box 6-40 aa PF07734 FBA_1 101-222 aa
XP_057800669.1
369 aa
N
1
184
369
F-box
FBA_1
C
PF00646 F-box 6-40 aa PF07734 FBA_1 101-222 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800665.1 Pfam PF00646 F-box Domain 29 63 2.8e-08 34.1 F-box domain
XP_057800665.1 Pfam PF07734 FBA_1 Repeat 124 245 1.7e-06 28.0 F-box associated beta propeller domain
XP_057800666.1 Pfam PF00646 F-box Domain 6 40 2.6e-08 34.2 F-box domain
XP_057800666.1 Pfam PF07734 FBA_1 Repeat 101 222 1.5e-06 28.1 F-box associated beta propeller domain
XP_057800668.1 Pfam PF00646 F-box Domain 6 40 2.6e-08 34.2 F-box domain
XP_057800668.1 Pfam PF07734 FBA_1 Repeat 101 222 1.5e-06 28.1 F-box associated beta propeller domain
XP_057800669.1 Pfam PF00646 F-box Domain 6 40 2.6e-08 34.2 F-box domain
XP_057800669.1 Pfam PF07734 FBA_1 Repeat 101 222 1.5e-06 28.1 F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944685.1
GCATTGTTACAACAATACTATTGTGGGAAATACGGCTTGATTTTTCCTTTTCGCTTCATTTTAAATTTAGTAATATTTCCATTTCCATGCCTTTATAAGCCACCATCCCACATCACCAAAAATCACCTTTTGGCTTTTGGATATCTTCTCTTCTCTACTGGTTGACACGCCCATTAAACTCTCCAATCATCAAACTCTCCGCCACTTGCAAACAATTCCCGGCATCTCCGCCTGACACCCGGAGCTATTCAACTCCGCCG...
XM_057944682.1
CATCACCAAAAATCACCTTTTGGCTTTTGGATATCTTCTCTTCTCTACTGGTTGACACGCCCATTAAACTCTCCAATCATCAAACTCTCCGCCACTTGCAAACAATTCCCGGCATCTCCGCCTGACACCCGGAGCTATTCAACTCCGCCGCCGCGATTTTCTTCGGCGAACTTCGTATGTTACTTCACCTATTGTCTATCAATACACCTCATATATATGTATATGCATCTCGATTATTTGTGCGTTTATTTCAGCAGTTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131016101
ATGATGATCCCCGACAGCGACAAATTGACGAGATTAATAGGTGTGCAAGATAGATCCTGCACTTTGATAATGATCACCGAAAACAACGATTTGTTGACCGAGATCCTCCTCTGGCTGCCTGCAAAATCCCTCATCAGATTCAAATTGGTGTCCAAGAAATGGCTCGATTTGATCTCGAGTCATCATTTCTCCGAACAGCACACTCTGCAGCAGCGCCACCAACGCTGTCATTCCAAGTTGAAGCCTTCCCTCCTCCTCCA...
LOC131016101
ATGATCACCGAAAACAACGATTTGTTGACCGAGATCCTCCTCTGGCTGCCTGCAAAATCCCTCATCAGATTCAAATTGGTGTCCAAGAAATGGCTCGATTTGATCTCGAGTCATCATTTCTCCGAACAGCACACTCTGCAGCAGCGCCACCAACGCTGTCATTCCAAGTTGAAGCCTTCCCTCCTCCTCCACCTTGCAGAGGCTTCAACCTACTTGTATCTTCACAGCAGCCCCAATGGTGAAAAGTTGGTGCCATATGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057800665.1
MMIPDSDKLTRLIGVQDRSCTLIMITENNDLLTEILLWLPAKSLIRFKLVSKKWLDLISSHHFSEQHTLQQRHQRCHSKLKPSLLLHLAEASTYLYLHSSPNGEKLVPYAFSSTLVEPTLRSFSNGLFLLQCRNVEKPFEVYCVYNPTTKQSKEILLNVDDMYRCVLGLNLVFDPLKSPHYKIFCIKATPRRSFSFWRSWWRRCQIEVYESDTSTWKLCGEPFLAPREVVFDHGIEWKGCIHWCGVFFDLQECVLGKHPE...
XP_057800666.1
MITENNDLLTEILLWLPAKSLIRFKLVSKKWLDLISSHHFSEQHTLQQRHQRCHSKLKPSLLLHLAEASTYLYLHSSPNGEKLVPYAFSSTLVEPTLRSFSNGLFLLQCRNVEKPFEVYCVYNPTTKQSKEILLNVDDMYRCVLGLNLVFDPLKSPHYKIFCIKATPRRSFSFWRSWWRRCQIEVYESDTSTWKLCGEPFLAPREVVFDHGIEWKGCIHWCGVFFDLQECVLGKHPEIVIAGDAGTEGFHQKYVESNGFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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