当前解析结果
SmilChr03G002990| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002990 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002990 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G002990 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 46720796 - 46721795 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016121 |
|---|---|
| GeneID | 131016121 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016121 |
| 原始查询 | SmilChr03G002990 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | TRP-like ion channel protein (Protein of unknown function, DUF599) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832531]; symbol=AT5G24600; hit=AT5G24600; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | TRP-like ion channel protein (Protein of unknown function, DUF599) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832531]; symbol=AT5G24600; hit=AT5G24600; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G24600 (AT5G24600)TRP-like ion channel protein (Protein of unknown function, DUF599) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832531] identity=63.1; qcov=1.02; evalue=5.35e-94; confidence=high |
| Rice | Os02g0292800- identity=55.2; qcov=1.09; evalue=1.84e-84; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04654 (DUF599) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016121 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057800718.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057800718.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057800718.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800718.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800718.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:46721040 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr3:46721124 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr3:46721565 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B124,B49,B79,C8 |
Chr3:46721602 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B28,C32,C68,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800718.1PF04654
DUF599 9-203 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800718.1 |
Pfam | PF04654 |
DUF599 | Family | 9 | 203 | 3.1e-65 | 220.2 | Protein of unknown function, DUF599 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。