Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002998`

染色体: Chr03 坐标: 46795834-46797492 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002998`
名称	SmilChr03G002998
描述	60S ribosomal protein L9
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	46795834 - 46797492 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016152`
GeneID	`131016152`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016152`
原始查询	`SmilChr03G002998`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L9
产物	60S ribosomal protein L9
Arabidopsis	`AT4G10450` (AT4G10450) Ribosomal protein L6 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826637] identity=83; qcov=1; evalue=1.41e-119; confidence=high
Rice	`Os02g0103700` - identity=78.3; qcov=1; evalue=1.23e-113; confidence=high
GO	GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0019843 (rRNA binding); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00347 (Ribosomal_L6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016152

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057800747.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800747.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800747.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800747.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800747.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:46796027`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	91	A15,A16,A19,A2,A20,B1,B101,B103,B105,B11,B110,B114,B117,B119,B121,B124,B128,B129,B137,B139,B15,B18,B2,B20,B21,B22,B25,B26,B27,B28,B3,B32,B33,B34,B37,B44,B46,B49,B52,B53,B54,B55,B57,B60,B62,B65,B70,B72,B76,B78,B8,B83,B84,B88,B95,B96,B99,C10,C12,C15,C18,C19,C2,C22,C25,C26,C27,C28,C30,C31,C37,C43,C44,C50,C52,C53,C55,C62,C63,C64,C68,C7,C72,C73,C77,C79,C8,D11,D2,D7,D8
`Chr3:46796058`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	13	A19,B12,B125,B139,B140,B20,B46,B54,B83,C10,C28,C79,D2
`Chr3:46796964`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B102,B29,B81,C87
`Chr3:46797050`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,B72
`Chr3:46797133`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B15
`Chr3:46797133`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B15
`Chr3:46797141`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,B31,B57,B72,C74
`Chr3:46797165`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:46797189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,D7
`Chr3:46797225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:46797249`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B53,C42
`Chr3:46797250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800747.1

194 aa

194

Ribosomal_L6

PF00347 Ribosomal_L6 12-90 aa PF00347 Ribosomal_L6 102-181 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800747.1`	Pfam	`PF00347`	Ribosomal_L6	Domain	12	90	7.4e-24	85.1	Ribosomal protein L6
`XP_057800747.1`	Pfam	`PF00347`	Ribosomal_L6	Domain	102	181	7.4e-24	85.1	Ribosomal protein L6

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944764.1
TAATAAAAGTATAAGTACAACACAATGAATCCATAAGAATAATAGTTTTATAGTACCGAACATAAAGCCCATTTACTAATGAAGCCCAATAACCAGCTAGGGCTTTACACCTCACTAACCTCCCTCTTTCTCCCTCTTATATCGCCGTCTGAACCTCCCTCCCTCTCTCTCTAAACTAGGGTCGCAGCTAGGGTTTTACACAGTTCACGCTTCACCCCACAAAATGAAGACGATCCTCTCCTCCGACACCATGGACATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016152
ATGAAGACGATCCTCTCCTCCGACACCATGGACATTCCCGACGGCATCAAGATCAAGGTCAAGGCCAAGGTGATCGAAGTCGAGGGGCCCAGGGGCACGCTCTCGAAGAATTTCAAGCATCTGAATCTCGATTTCCAGCTCATCACCGATGAGGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGATGCCTGGTTCGGCAGCCGGAAAACCACCGCCTCCATCCGCACGGCGCTCAGCCACGTCAACAACCTAATCAACGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800747.1
MKTILSSDTMDIPDGIKIKVKAKVIEVEGPRGTLSKNFKHLNLDFQLITDEETGKKKLKIDAWFGSRKTTASIRTALSHVNNLINGVTKGYRYKMRFVYAHFPINASITNNGTAIEIRNFLGEKKVRKVDMLEGVSIVRSEKVKDELVLEGNDIELVSRSCALINQKCHVKNKDIRKFLDGIYVSEKGAIAVEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器