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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003003

染色体: Chr03 坐标: 46880113-46883906 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003003
名称SmilChr03G003003
描述NAC domain-containing protein 91
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46880113 - 46883906 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016156
GeneID131016156
locus_tag-
NCBI NameLOC131016156
原始查询SmilChr03G003003

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAC domain-containing protein 91
产物NAC domain-containing protein 91
ArabidopsisAT5G24590 (TIP)
TCV-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832530]
identity=46.5; qcov=0.592; evalue=8.97e-90; confidence=medium
RiceOs08g0157900 (ONAC037)
-
identity=37.2; qcov=0.69; evalue=9.04e-62; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800751.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800751.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800751.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800751.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800751.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46881119 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B19,B85
Chr3:46882276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr3:46882281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr3:46882298 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 15 A25,B28,B34,B5,B71,B93,B97,C26,C32,C44,C46,C62,C68,C7,C76
Chr3:46882301 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 15 A25,B28,B34,B5,B71,B93,B97,C26,C32,C44,C46,C62,C68,C7,C76
Chr3:46882451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B49,B79,C8
Chr3:46882801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B124,B49,B79,C8
Chr3:46882899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B124,B49,B79,C8
Chr3:46882943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C47
Chr3:46883350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800751.1
608 aa
N
1
304
608
NAM
C
PF02365 NAM 10-136 aa
XP_057800752.1
588 aa
N
1
294
588
NAM
C
PF02365 NAM 10-136 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800751.1 Pfam PF02365 NAM Family 10 136 1.8e-46 158.3 No apical meristem (NAM) protein
XP_057800752.1 Pfam PF02365 NAM Family 10 136 1.7e-46 158.4 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944768.1
CGCTCACTCATCTACTGCTCTTTCTCAGAAAATTCCTCCTCTACTCTCTCTCACTATATTTCTTTCCTTTTCTTCTTCTCTCTCTCTCTCTAAAAAAATCTCGGATCCTCAGCTCGAACCCCACTGAATTTTCCCTGAATCTCATCCTCTTTTGTTAGAGCTTCTTCTCTTATAAATTTACTTCACCTTTAACACGCTTCTCTGTTTTTACCCTTTATTTTTCCAAAAAGCAAAAGTGTTTACTGTCAATGGCTGTGCTT...
XM_057944769.1
CTGCTCTTTCTCAGAAAATTCCTCCTCTACTCTCTCTCACTATATTTCTTTCCTTTTCTTCTTCTCTCTCTCTCTCTAAAAAAATCTCGGATCCTCAGCTCGAACCCCACTGAATTTTCCCTGAATCTCATCCTCTTTTGTTAGAGCTTCTTCTCTTATAAATTTACTTCACCTTTAACACGCTTCTCTGTTTTTACCCTTTATTTTTCCAAAAAGCAAAAGTGTTTACTGTCAATGGCTGTGCTTCCGGTTAAGGCTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016156
ATGGCTGTGCTTCCGGTTAAGGCTTTACCGGTGGGATATAGATTCCGGCCGACGGACGAGGAGCTGATCGATCACTACTTGAGGCTCAAAATCAATAGGCGGGATAAGGAAGTCAGTGTTATTCGTGAAATTGATGTTTGTAAATGGGAGCCCTGGGATTTACCTGATTTATCTGTGGTAGAGTCTACTGACAATGAGTGGTTCTTCTTCTGCCCTAAGGATCGTAAATACCAAAATGGTCAGAGATTGAACCGGGCTAC...
LOC131016156
ATGGCTGTGCTTCCGGTTAAGGCTTTACCGGTGGGATATAGATTCCGGCCGACGGACGAGGAGCTGATCGATCACTACTTGAGGCTCAAAATCAATAGGCGGGATAAGGAAGTCAGTGTTATTCGTGAAATTGATGTTTGTAAATGGGAGCCCTGGGATTTACCTGATTTATCTGTGGTAGAGTCTACTGACAATGAGTGGTTCTTCTTCTGCCCTAAGGATCGTAAATACCAAAATGGTCAGAGATTGAACCGGGCTAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057800751.1
MAVLPVKALPVGYRFRPTDEELIDHYLRLKINRRDKEVSVIREIDVCKWEPWDLPDLSVVESTDNEWFFFCPKDRKYQNGQRLNRATEKGYWKATGKDRNITTRKGVKIGMKKTLVFYMGRAPDGKRTNWVIHEYRATDKSLDGTHPGQGAYVLCRLFRKAELKQDDITASSNINEVEEIIASPPEVRSVEDEQSEPVSPSLGGMVEPRPSSVESHQTLSTQKAADSTPIPLDWHSNSGIADEMEDNVLDIKSIPPNPEL...
XP_057800752.1
MAVLPVKALPVGYRFRPTDEELIDHYLRLKINRRDKEVSVIREIDVCKWEPWDLPDLSVVESTDNEWFFFCPKDRKYQNGQRLNRATEKGYWKATGKDRNITTRKGVKIGMKKTLVFYMGRAPDGKRTNWVIHEYRATDKSLDGTHPGQGAYVLCRLFRKAELKQDDITASSNINEVEEIIASPPEVRSVEDEQSEPVSPSLGGMVEPRPSSVESHQTLSTQKAADSTPIPLDWHSNSGIADEMEDNVLDIKSIPPNPEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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