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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003042`

染色体: Chr03 坐标: 47322956-47324529 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003042`
名称	SmilChr03G003042
描述	protein PALE CRESS, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	47322956 - 47324529 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016188`
GeneID	`131016188`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016188`
原始查询	`SmilChr03G003042`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PALE CRESS, chloroplastic
产物	protein PALE CRESS%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G48120` (PAC) pale cress protein (PAC) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819424] identity=61.6; qcov=1.01; evalue=5.37e-107; confidence=high
Rice	`Os05g0393400` - identity=58; qcov=0.935; evalue=3.15e-96; confidence=high
GO	GO:0009501 (amyloplast); GO:0009507 (chloroplast); GO:0009509 (chromoplast); GO:0009513 (etioplast); GO:0009537 (proplastid); GO:0009658 (chloroplast organization); GO:0009965 (leaf morphogenesis); GO:0010239 (chloroplast mRNA processing); GO:0048366 (leaf development); GO:0071482 (cellular response to light stimulus)
KEGG	-
Pfam	PF28683 (PAC_M); PF28684 (PAC_N_CC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016188

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057800801.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057800801.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800801.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800801.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800801.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:47323201`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B23
`Chr3:47323382`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B139,B43,C50
`Chr3:47323393`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,C12,C26
`Chr3:47323418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B34,B43
`Chr3:47323663`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr3:47323694`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr3:47323963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr3:47324242`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr3:47324250`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,B22,B23,B53
`Chr3:47324259`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,B22,B23,B53
`Chr3:47324289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,B52,C41
`Chr3:47324333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800801.1

306 aa

153

306

PAC_N_CC

PAC_M

PF28684 PAC_N_CC 57-93 aa PF28683 PAC_M 97-177 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800801.1`	Pfam	`PF28684`	PAC_N_CC	Domain	57	93	4.2e-17	62.6	PAC N-terminal coiled-coil domain
`XP_057800801.1`	Pfam	`PF28683`	PAC_M	Domain	97	177	2.3e-39	134.1	PAC middle domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944818.1
GGGAGAGAGGATTTAAGGAGTTGATAGGGATAAAAACACGAAAGAGGGGAAGAAATGGAGGCAAAAACATTACAGCTGCTATCAAGTTTCAGTAATTCGTGGGCATCGCCCGTTTCGAGATTTCCGACCGCTTTCCCAACACACTCTTGTTTGAAGCTTATACAGAGATGCAAGAAGATAGAAGAGCAGGACTACTTAGCTGGCCTTCCAAAAGAATACTACGATGATGAATGGCAAGCGAGGCAGCGGGAAAAGACCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016188
ATGGAGGCAAAAACATTACAGCTGCTATCAAGTTTCAGTAATTCGTGGGCATCGCCCGTTTCGAGATTTCCGACCGCTTTCCCAACACACTCTTGTTTGAAGCTTATACAGAGATGCAAGAAGATAGAAGAGCAGGACTACTTAGCTGGCCTTCCAAAAGAATACTACGATGATGAATGGCAAGCGAGGCAGCGGGAAAAGACCAAGGAGTTTCAGAAGAGGCGGGCAGAGGAGGATGAGGAAGAAGAGAGAAAGGTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800801.1
MEAKTLQLLSSFSNSWASPVSRFPTAFPTHSCLKLIQRCKKIEEQDYLAGLPKEYYDDEWQARQREKTKEFQKRRAEEDEEEERKVDEYREIGLRLKNYRDEDLRKAKKLVSSFIRSAEEVEERIVEAAEKGELTELVLLVIWNRLDLARRDEEKDAIRSLDLLYRRVECEMLAREASPAMRLLNEMLNMHDGFDEDGWLKACKKLMMETFPREDPFSILVPAGFDIHKHHGPMRPGIEADDVLLRVDFVREVDAFLQEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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