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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003049

染色体: Chr03 坐标: 47392602-47393188 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003049
名称SmilChr03G003049
描述small polypeptide DEVIL 14
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向47392602 - 47393188 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016197
GeneID131016197
locus_tag-
NCBI NameLOC131016197
原始查询SmilChr03G003049

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述small polypeptide DEVIL 14
产物small polypeptide DEVIL 14
ArabidopsisAT3G63088 (RTFL14)
ROTUNDIFOLIA like 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719424]
identity=58.8; qcov=0.739; evalue=1.48e-08; confidence=low
RiceOs01g0525350
-
identity=76.9; qcov=0.565; evalue=5.43e-09; confidence=low
GOGO:0008285 (negative regulation of cell population proliferation)
KEGG-
PfamPF08137 (DVL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016197

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057800814.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057800814.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800814.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800814.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800814.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:47392873 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr3:47392873 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800814.1
46 aa
N
1
23
46
DVL
C
PF08137 DVL 25-43 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800814.1 Pfam PF08137 DVL Family 25 43 7.4e-10 39.2 DVL family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944831.1
TTCCACAAGTTTTGCTTTGTCATCTTAATGTTTTTTGTGCATGAAGTGAATGCACCCAAACCCTCAACCCTACAACAAGGGCCACAAATTCCCTCACACCACAAGTTCCCATTTCCATATCTTCTCTCACTACACATATATATATGGACACTACAAACACCTCCACAAACTCATCACTCCCACTTCAGAACTTCAAGAATCTTCAACTTCTTCTTTCAAAGTTTTCTTTAACACACAGACATGGCTGCATACTCAGTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016197
ATGGCTGCATACTCAGTCTTCCCATCAAGAAGCTTGAAGCAGCGATCCGTCCAACGTTGCTCGAAGCAAATGAGGGAACACAAAGCTCGTCTTTACATCATATGGAGATGTACAGTGCTTCTTTTGTGCTGGCATGAATGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800814.1
MAAYSVFPSRSLKQRSVQRCSKQMREHKARLYIIWRCTVLLLCWHE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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