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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003065`

染色体: Chr03 坐标: 47600585-47603763 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003065`
名称	SmilChr03G003065
描述	uncharacterized SmilChr03G003065
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	47600585 - 47603763 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018908`
GeneID	`131018908`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018908`
原始查询	`SmilChr03G003065`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=25.6; qcov=0.695; evalue=1.59e-61; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=32.7; qcov=0.736; evalue=1.69e-100; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF26130 (PB1-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018908

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803580.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803580.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803580.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803580.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057803580.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:47600589`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr3:47600717`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,B111,C13,C7,D11
`Chr3:47600776`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B46,B95,C40
`Chr3:47600822`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C40
`Chr3:47600822`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C40
`Chr3:47600840`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B87,C70
`Chr3:47600859`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr3:47600863`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	13	A20,A4,A5,A9,B10,B12,B26,B73,C32,C37,C45,C68,C73
`Chr3:47600866`	`C`	`CAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	12	A20,A4,A5,A9,B10,B12,B73,C32,C37,C45,C68,C73
`Chr3:47600910`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A16,C17,D7
`Chr3:47600910`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A16,C17,D7
`Chr3:47600948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803580.1

838 aa

419

838

PB1-like

DBD_Tnp_Mut

MULE

Transposase_mut

SWIM

PF26130 PB1-like 5-100 aa PF03108 DBD_Tnp_Mut 261-324 aa PF10551 MULE 453-548 aa PF00872 Transposase_mut 470-608 aa PF04434 SWIM 700-731 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803580.1`	Pfam	`PF26130`	PB1-like	Domain	5	100	2.7e-16	60.4	PB1-like domain
`XP_057803580.1`	Pfam	`PF03108`	DBD_Tnp_Mut	Family	261	324	2.4e-07	31.0	MuDR family transposase
`XP_057803580.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	453	548	4e-17	63.1	MULE transposase domain
`XP_057803580.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	470	608	5.8e-07	29.5	Transposase, Mutator family
`XP_057803580.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	700	731	2.5e-08	34.0	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947597.1
ATGGGTGGAAGTGATAACTTCTCACTATTCATTCATCATGGTGGAGAGTTTCGTGAAGTTCAGAGCTTTAATGCTTATGCTGGGGGTAAAAAGATAGGGTTTCATGACCTTGGTGTAGATAAGTTTGGTTTTTTTGATTTGAAGGATTTAGTGGAGAGTTTGGGTTATTCTGGATGGGCTAAGTTAGTCTATGTCGAGCCTAAATCATATATATATAGGGTAATCAAAACTGATAAAGAGGTGATGGATATGTTGGGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018908
ATGGGTGGAAGTGATAACTTCTCACTATTCATTCATCATGGTGGAGAGTTTCGTGAAGTTCAGAGCTTTAATGCTTATGCTGGGGGTAAAAAGATAGGGTTTCATGACCTTGGTGTAGATAAGTTTGGTTTTTTTGATTTGAAGGATTTAGTGGAGAGTTTGGGTTATTCTGGATGGGCTAAGTTAGTCTATGTCGAGCCTAAATCATATATATATAGGGTAATCAAAACTGATAAAGAGGTGATGGATATGTTGGGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803580.1
MGGSDNFSLFIHHGGEFREVQSFNAYAGGKKIGFHDLGVDKFGFFDLKDLVESLGYSGWAKLVYVEPKSYIYRVIKTDKEVMDMLGFLTDVNKVVSVFVEGGGGLGRVMLGQLTRVMLGQLIWEMLGKMIMEMMGKMMRLKRYDGGLTTDSEKEYLPSNAEESDDADDDDNREGLDDEEYVAVKSTRIAGSSSITRRETGPGPSSWVEDLLKKCNPINEEENKSDYKESGDEINSSESDGEGQPKQKKSKYDPKADDKDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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