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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003076

染色体: Chr03 坐标: 47781488-47782284 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003076
名称SmilChr03G003076
描述extensin-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向47781488 - 47782284 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018913
GeneID131018913
locus_tag-
NCBI NameLOC131018913
原始查询SmilChr03G003076

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述extensin-like
产物extensin-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057803584.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057803584.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057803584.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803584.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803584.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:47781498 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B44
Chr3:47781498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:47781520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B68,B88,C45
Chr3:47781628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:47781637 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 5 A4,B125,B140,B2,B85
Chr3:47781637 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 5 A4,B125,B140,B2,B85
Chr3:47781641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:47781643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B68,B88,C45
Chr3:47781651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:47781679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:47781681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B125,B140,B2,B85
Chr3:47781682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B76,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947601.1
ATGGCTGGAGTCGAAGTCACGGTGGATGATCCCCCAACTTTATCGCCTCATCCTTCACCATTCTCGACCACTCACAACGCTTCTTCGATTTTCTCTCCGTTGGCACTCTCCGCCACCACCGTTGCCCCAACTTCACAACCTGTCTCATTTTTATCTCCTCATGTACCACCGACCACTCCTGCACCGCCCAGCCCAACACATCTACCCTTTACCTATGTTCCTCCCCATCTGCCGTCCAAAGCTATCCCACTTCACTCTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018913
ATGGCTGGAGTCGAAGTCACGGTGGATGATCCCCCAACTTTATCGCCTCATCCTTCACCATTCTCGACCACTCACAACGCTTCTTCGATTTTCTCTCCGTTGGCACTCTCCGCCACCACCGTTGCCCCAACTTCACAACCTGTCTCATTTTTATCTCCTCATGTACCACCGACCACTCCTGCACCGCCCAGCCCAACACATCTACCCTTTACCTATGTTCCTCCCCATCTGCCGTCCAAAGCTATCCCACTTCACTCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803584.1
MAGVEVTVDDPPTLSPHPSPFSTTHNASSIFSPLALSATTVAPTSQPVSFLSPHVPPTTPAPPSPTHLPFTYVPPHLPSKAIPLHSFLHPHTPTPPTRIDPTFSPCISPPLFTGLKSPPLLPLIVPQSSPSLPPIPPPPAELPPDVPPSCAIPPTAPITPLVSPLPILGSRFWLLAGSKGKILAVAFGSISAAIADVLTVGVVSSFYPLMGVFVSQEVQLCGFQLGLLSSTWWA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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