当前解析结果
SmilChr03G003078| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003078 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003078 |
| 描述 | protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 47789980 - 47791858 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016221 |
|---|---|
| GeneID | 131016221 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016221 |
| 原始查询 | SmilChr03G003078 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like |
| 产物 | protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like |
| Arabidopsis | AT5G67150 (AT5G67150)HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836850] identity=38.7; qcov=1.02; evalue=7.82e-99; confidence=medium |
| Rice | Os08g0111300- identity=38.3; qcov=0.984; evalue=2.64e-85; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02458 (Transferase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016221 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057800844.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057800844.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800844.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800844.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800844.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:47790451 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B21,B55,C28,C74 |
Chr3:47790544 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:47790573 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr3:47790751 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B21,B55,C28,C74 |
Chr3:47791092 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B59,C43,C70 |
Chr3:47791137 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B37,B68,B88,C13,C45 |
Chr3:47791159 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B87 |
Chr3:47791162 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B7,C3 |
Chr3:47791244 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C40 |
Chr3:47791244 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C40 |
Chr3:47791246 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
Chr3:47791333 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B102,C53 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800844.1PF02458
Transferase 19-444 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800844.1 |
Pfam | PF02458 |
Transferase | Family | 19 | 444 | 3.5e-69 | 234.3 | Transferase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。