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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003086

染色体: Chr03 坐标: 47912099-47914074 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003086
名称SmilChr03G003086
描述uncharacterized SmilChr03G003086
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向47912099 - 47914074 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016229
GeneID131016229
locus_tag-
NCBI NameLOC131016229
原始查询SmilChr03G003086

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述GRIP/coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828171]; symbol=AT4G02800; hit=AT4G02800; species=arabidopsis; confidence=high
产物GRIP/coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828171]; symbol=AT4G02800; hit=AT4G02800; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G02800 (AT4G02800)
GRIP/coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828171]
identity=48.5; qcov=1.05; evalue=8.63e-97; confidence=high
RiceOs04g0228100 (OSJNBa0065B15.1)
-
identity=47.3; qcov=0.988; evalue=6.98e-84; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016229

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057800855.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057800855.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800855.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800855.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800855.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:47912364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B20,B77,C9
Chr3:47912401 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B129
Chr3:47912401 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B129
Chr3:47912583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B20,B77,C9
Chr3:47912609 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B20,B77,C9
Chr3:47912922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B111,B17
Chr3:47912967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B63,B83,D11
Chr3:47912968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B63,B83,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944872.1
AAGTATTTATCTCAGAAAATCGGAGCCGTTGGATTATCAGAACGTTGCAACAGCTCTGTATATAAAAGTCGAAATCTCATCCGCCTAGAGCCCAGCCCCCCGCCTTCCACAAACTATCCGTTACAAATTCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAACCTTCTCTCTCCAAATCCAAGGAAAGCTGTAATGGCAACTTCAGTTGAATCTCCATCGCCTGCTTCCCTCCACACGGGGCATCCAATTTCGATGGTTTCTTCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016229
ATGGCAACTTCAGTTGAATCTCCATCGCCTGCTTCCCTCCACACGGGGCATCCAATTTCGATGGTTTCTTCTCCTCCTTTGTTCAGTCCTTCTTCCGATAAGCGCTTCTGGAGCGCTCTTACCAGCCGCGTCGACACGCTTCTTGAGAATCAGAGGCCGAAAAAGAGTTCCGAAGCAGTGGATCGTGCGAAGAGATTGAAGGAGGATTCGATGCTTTTGCTGAGAGGGTTTGATTCAGTGGCTCAGTCTCTTTCTCAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800855.1
MATSVESPSPASLHTGHPISMVSSPPLFSPSSDKRFWSALTSRVDTLLENQRPKKSSEAVDRAKRLKEDSMLLLRGFDSVAQSLSQLSNNLETALEGARSLAKPPPLSEILHATIEKAKDGENPVEEESKGEKKQEDDNIDNRGLKRKLDSGDCNDDQDQEEGEENSQEGKRKGSKEMEKIKKAKNLAITMATRAASMARELKSIRSDMAFMQERCGLLEEENRKLRDGLAEGTQPDDDDLVRLQLEALLAEKSRLANEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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