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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003089`

染色体: Chr03 坐标: 47920239-47922296 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003089`
名称	SmilChr03G003089
描述	chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa a, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	47920239 - 47922296 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016231`
GeneID	`131016231`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016231`
原始查询	`SmilChr03G003089`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa a, chloroplastic
产物	chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa a%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G63140` (CSP41A) chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825489] identity=80.2; qcov=0.849; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0212200` (OJ1664_D08.107) - identity=74.4; qcov=0.792; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005829 (cytosol); GO:0006364 (rRNA processing)
KEGG	-
Pfam	PF01370 (Epimerase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016231

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057800857.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057800857.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800857.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800857.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800857.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:47920502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B68,B94,D5
`Chr3:47920651`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B10
`Chr3:47920651`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B10
`Chr3:47920756`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr3:47920790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr3:47921193`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:47921211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B28
`Chr3:47921637`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,B99
`Chr3:47921706`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800857.1

404 aa

202

404

Epimerase

PF01370 Epimerase 88-298 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800857.1`	Pfam	`PF01370`	Epimerase	Family	88	298	1.9e-10	41.3	NAD dependent epimerase/dehydratase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944874.1
GATAAACTATCGATAAAGTTATAGAATTCGATTATAGACCACATATCTTTCACCTTCCATCATGAATGAGAAAAAGACCACAAACAAAATAGATTTTTCAATCATCAAACAAATCCCAAATTTCTAACTGTATGAAACTGGATTCAAAAAAATAAAAATAAACAGAAAAATCAGGTTCTTACAACGCCAATCATCAAGAAACCAAAGAAAAAAAGTAGTCTCAGAGCTCAATGGCTACTGCAGTAGCTTCAACCTCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016231
ATGGCTACTGCAGTAGCTTCAACCTCTTCCTCTCTCCTCTTCTTCTCCTCTCACTCTTCTTCACCTTCATCTTCGTCTCTCTCACCTCTCACTCGTCTCTCCTTCTCTCCAACTTCCCACCACTCCTCTCTCTCATCATCTCTCTCCATTTCTCCATCTTTTCTTGCTCTCTCCTCAAAGACTCCCAAAAGAGCAGTTTCATCTTCATCATTCACCATCAAGGCAGAGAAGAAGAATGTGCTCATCGTCAACACCAACAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800857.1
MATAVASTSSSLLFFSSHSSSPSSSSLSPLTRLSFSPTSHHSSLSSSLSISPSFLALSSKTPKRAVSSSSFTIKAEKKNVLIVNTNSGGHAVIGFYFAKELLASGHGVTVLTVGEEASDKMKKPPFNRFSEIVSAGGKTVWGDPAAIGKVLEGAAFDVVLDNNGKDLDTVRPVADWSKSIGVKQFLFISSAGIYKPTDEPPHIEGDTVKGDAGHVGVEKYLSETLDNWASFRPQYMIGSGNNKDCEEWFFDRIVRGRPIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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