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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003091

染色体: Chr03 坐标: 47930073-47932991 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003091
名称SmilChr03G003091
描述uncharacterized SmilChr03G003091
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向47930073 - 47932991 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016232
GeneID131016232
locus_tag-
NCBI NameLOC131016232
原始查询SmilChr03G003091

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839244]; symbol=AT1G02080; hit=AT1G02080; species=arabidopsis; confidence=medium
产物transcription regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839244]; symbol=AT1G02080; hit=AT1G02080; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G02080 (AT1G02080)
transcription regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839244]
identity=43.8; qcov=0.624; evalue=1.56e-26; confidence=medium
RiceOs10g0556700 (OsNOT1)
-
identity=48.5; qcov=0.493; evalue=1.39e-22; confidence=medium
GOGO:0000288 (nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay); GO:0000932 (P-body); GO:0030015 (CCR4-NOT core complex); GO:0060090 (molecular adaptor activity)
KEGG-
PfamPF16417 (CNOT1_TTP_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800858.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057800858.1
3 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057800867.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800867.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800867.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:47931324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B22
Chr3:47931329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B35,B70,C85
Chr3:47932760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800858.1
240 aa
N
1
120
240
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 147-192 aa
XP_057800859.1
240 aa
N
1
120
240
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 147-192 aa
XP_057800860.1
240 aa
N
1
120
240
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 147-192 aa
XP_057800861.1
231 aa
N
1
116
231
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 138-183 aa
XP_057800862.1
231 aa
N
1
116
231
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 138-183 aa
XP_057800863.1
231 aa
N
1
116
231
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 138-183 aa
XP_057800864.1
214 aa
N
1
107
214
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 121-166 aa
XP_057800865.1
214 aa
N
1
107
214
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 121-166 aa
XP_057800866.1
214 aa
N
1
107
214
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 121-166 aa
XP_057800867.1
205 aa
N
1
102
205
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 112-157 aa
XP_057800868.1
205 aa
N
1
102
205
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 112-157 aa
XP_057800869.1
205 aa
N
1
102
205
CNOT1_TTP_bind
C
PF16417 CNOT1_TTP_bind 112-157 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800858.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 147 192 3.2e-10 40.2 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800859.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 147 192 3.2e-10 40.2 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800860.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 147 192 3.2e-10 40.2 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800861.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 138 183 3e-10 40.3 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800862.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 138 183 3e-10 40.3 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800863.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 138 183 3e-10 40.3 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800864.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 121 166 1.7e-10 41.1 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800865.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 121 166 1.7e-10 41.1 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800866.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 121 166 1.7e-10 41.1 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800867.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 112 157 3.2e-10 40.2 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800868.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 112 157 1.7e-10 41.1 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain
XP_057800869.1 Pfam PF16417 CNOT1_TTP_bind Repeat 112 157 3.2e-10 40.2 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944879.1
CTACTTCTCCAAAATTTCAAGCACCCCTCTCTCTCTCACCGTACTCCCATCTTCCTCTTCTCTCTGCCACCGCCTTACTCCCTTCAACACCGGCGGCTACTGTCGCCGCCAGCCTCCACCGCCACGGTATCCCCTCTGTATGCCTCGCATCTGCCTCCCTCTCGTTCCTTCTCTAAATCATGAAAAATCCCCAAAAATCCCTAGCTTCCTCCCCCAACAATTTCCGGCGATATTACCGCCTGAACCACCCATTTCTTCTT...
XM_057944876.1
CTACTTCTCCAAAATTTCAAGCACCCCTCTCTCTCTCACCGTACTCCCATCTTCCTCTTCTCTCTGCCACCGCCTTACTCCCTTCAACACCGGCGGCTACTGTCGCCGCCAGCCTCCACCGCCACGGTATCCCCTCTGTATGCCTCGCATCTGCCTCCCTCTCGTTCCTTCTCTAAATCATGAAAAATCCCCAAAAATCCCTAGCTTCCTCCCCCAACAATTTCCGGCGATATTACCGCCTGAACCACCCATTTCTTCTT...

CDS

12 records

下载 CDS FASTA
LOC131016232
ATGGCTGGTGGGATTAGTTTCATGACATGTTATGCACGAACTGCAGTCATGCAGAACAACCGCAGGACTTATGGGCTTCTCTTTGATTGGATTTATCCTGCTTACATGCCAGTTCTTCTAAGAGGAATCTCACATTGGGCTGACACACCAGAGTGCATTGAAAAACTCCTTGATATATCAGCTGCTACCCTAGAGAAGAGTGATGATGTTATTGGCATAGAAACTGCAAATGAATGCATTAAGTTTTTGAAGGATGTTCA...
LOC131016232
ATGGCTGGTGGGATTAGTTTCATGACATGTTATGCACGAACTGCAGTCATGCAGAACAACCGCAGGACTTATGGGCTTCTCTTTGATTGGATTTATCCTGCTTACATGCCAGTTCTTCTAAGAGGAATCTCACATTGGGCTGACACACCAGAGTGCATTGAAAAACTCCTTGATATATCAGCTGCTACCCTAGAGAAGAGTGATGATGTTATTGGCATAGAAACTGCAAATGAATGCATTAAGTTTTTGAAGGATGTTCA...

Protein

12 records

下载 Protein FASTA
XP_057800858.1
MAGGISFMTCYARTAVMQNNRRTYGLLFDWIYPAYMPVLLRGISHWADTPECIEKLLDISAATLEKSDDVIGIETANECIKFLKDVQIGDQDISPSHFQPSDSLLNIYLEACPTILKVGVLSSNHVSEEIEKLDVSHMRANSKMRSAGGSDAAADDIETEANSYFHQMFSGHLSMDAMIQMLTRFKESSDKRGCYFQEGTKIKMKMSVKEAFERSMRTLSESLLQNDTYSKVARICNIFF
XP_057800859.1
MAGGISFMTCYARTAVMQNNRRTYGLLFDWIYPAYMPVLLRGISHWADTPECIEKLLDISAATLEKSDDVIGIETANECIKFLKDVQIGDQDISPSHFQPSDSLLNIYLEACPTILKVGVLSSNHVSEEIEKLDVSHMRANSKMRSAGGSDAAADDIETEANSYFHQMFSGHLSMDAMIQMLTRFKESSDKRGCYFQEGTKIKMKMSVKEAFERSMRTLSESLLQNDTYSKVARICNIFF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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