Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003124`

染色体: Chr03 坐标: 48424143-48427267 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003124`
名称	SmilChr03G003124
描述	uncharacterized SmilChr03G003124
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	48424143 - 48427267 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016271`
GeneID	`131016271`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016271`
原始查询	`SmilChr03G003124`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839572]; symbol=TRM82; hit=AT1G03110; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839572]; symbol=TRM82; hit=AT1G03110; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G03110` (TRM82) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839572] identity=56.9; qcov=0.998; evalue=8.73e-168; confidence=high
Rice	`Os03g0746800` (OsWD40-92) - identity=51.5; qcov=1.02; evalue=1.85e-146; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0008176 (tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity); GO:0036265 (RNA (guanine-N7)-methylation); GO:0043527 (tRNA methyltransferase complex)
KEGG	-
Pfam	PF00400 (WD40); PF30361 (TRM82_WD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016271

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800900.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057800900.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057800900.1`
4	Nucleolus	核仁	0.40000	`XP_057800900.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800900.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:48425205`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B138,B74
`Chr3:48426857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:48427117`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800900.1

433 aa

216

433

WD40

TRM82_WD

WD40

PF00400 WD40 53-88 aa PF00400 WD40 150-179 aa PF30361 TRM82_WD 155-312 aa PF00400 WD40 198-233 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800900.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	53	88	2.1e-27	95.1	WD domain, G-beta repeat
`XP_057800900.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	150	179	2.1e-27	95.1	WD domain, G-beta repeat
`XP_057800900.1`	Pfam	`PF30361`	TRM82_WD	Repeat	155	312	3.2e-28	99.4	tRNA methyltransferase TRM82 WD40 domain
`XP_057800900.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	198	233	2.1e-27	95.1	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944917.1
CCAATTACCTCAAGTCCAACAAGCACAACCCAAAAAGGGGCGGTTTTGAACTGGATTTCTCGGCGCCCAAATCCGAAACCCTAGAGAAACCCCCAGGTACTCTCTCAACCGAAATCGAAGAAAATGGAGGAGCACGACATCGATGAAACCGAGCAGAAGCTCGAAGCGGAGGTAGCTCCGGCTCTAGTTGCGGTCCACCCCAATCAGAAATTCGTATCTGTCTCCGTCGGGTCGGATCTCCGGGTTTTCGATTTCCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016271
ATGGAGGAGCACGACATCGATGAAACCGAGCAGAAGCTCGAAGCGGAGGTAGCTCCGGCTCTAGTTGCGGTCCACCCCAATCAGAAATTCGTATCTGTCTCCGTCGGGTCGGATCTCCGGGTTTTCGATTTCCAACATGGTTCTGCAGCTCAATTATTGGATGAAGTTGGGGGGCACAGAGATTCTATTCGCGCCGTCCGGTACAGTAAAAGCGGGAAGCTTTTTGTGTCGGGTGGAGATGATAAGCTGGTGAAAGTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800900.1
MEEHDIDETEQKLEAEVAPALVAVHPNQKFVSVSVGSDLRVFDFQHGSAAQLLDEVGGHRDSIRAVRYSKSGKLFVSGGDDKLVKVWDTDSWRCVYSVVSEKRVTSLAVSGDDKFVAFADKFGVVYVVDIGDYDEENLAPVDKKAVPILSHYCSIITRLEFSPDGQYIISADRDFKIRVTFFSKERLKGPHEIQCFCLGHTEFVSCLAFVSNQDYARGLLVSGSGDSTVRLWNFASGSLLDTCEVSAKAGLLNSNQKKEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器