Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003126`

染色体: Chr03 坐标: 48441763-48453830 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003126`
名称	SmilChr03G003126
描述	uncharacterized SmilChr03G003126
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	48441763 - 48453830 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016273`
GeneID	`131016273`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016273`
原始查询	`SmilChr03G003126`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF31029 (Cauli_VI_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016273

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057800901.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057800901.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057800901.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057800901.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800901.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:48441917`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr3:48441925`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	52	A13,A23,B105,B113,B129,B132,B134,B136,B18,B19,B21,B29,B3,B30,B32,B38,B4,B45,B51,B52,B55,B56,B64,B76,B78,B82,B86,B88,B9,B93,B94,B95,B96,C10,C11,C12,C14,C16,C25,C32,C49,C54,C59,C68,C69,C7,C79,C83,D11,D4,D8,D9
`Chr3:48441943`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B101,B123,B131,B82,C34,C63,C65,C77
`Chr3:48441987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B32,C49
`Chr3:48441987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,C49
`Chr3:48442006`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C12,C15,C21
`Chr3:48442023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr3:48442032`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C27,C33,D4
`Chr3:48442064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B57,C19,C8
`Chr3:48442080`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B129,B81
`Chr3:48442080`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B129,B81
`Chr3:48442113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,B90,C13,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800901.1

437 aa

218

437

Cauli_VI_C

PF31029 Cauli_VI_C 160-383 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800901.1`	Pfam	`PF31029`	Cauli_VI_C	Domain	160	383	5.1e-48	164.1	Caulimoviridae transactivator/viroplasmin C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944918.1
TTAAAGCTTTCTTAACAAAAAAGATAGAATCTAAACCTGAAAAGGCTAGATTACTAAGATGGCAAGCAGAATGCCAATATTATGAATTTGATATTGTCATTTTGAAATCTGATGATAATGTTCTTGCAGATTTCCTAACAAGGGATGGAGCCAACTGAGGTTGACTCTATCATGGAGAACCAGAGGCAGCTCCTGGACAACCTGAAGATACTACAAAAAGAATGGCAAGAGTGCTTACTCCATGCCAAACAAGCGGGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016273
ATGGAGCCAACTGAGGTTGACTCTATCATGGAGAACCAGAGGCAGCTCCTGGACAACCTGAAGATACTACAAAAAGAATGGCAAGAGTGCTTACTCCATGCCAAACAAGCGGGAAGGATACAAACGGATGATGAATCCAAAGTGTCTAACCGTATACGAGAATGTATCAAGAAGATGTTAAATCTTAATGATGCAACCCACAAGCCGCTCCTGCGCGGGATCATGGCTCCCATGATCAAAGCAGGCATTACCGTACAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800901.1
MEPTEVDSIMENQRQLLDNLKILQKEWQECLLHAKQAGRIQTDDESKVSNRIRECIKKMLNLNDATHKPLLRGIMAPMIKAGITVQAGLPVAGDSNTPSTSSEAKVSKPDPQEEDVAKASPPKPTCQPSTSGVKEGEISLRPLTGKSKIDTNIIEISPVWQMYQSRWEKINTRKGLNPSYCRVDVAGKYPRIWMTTGANPQEVKEWYEFGALASVYTTSPTFNEIKGLLRWIQETVYDAWANNKSLNRGDVLELYFLSAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器