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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003127

染色体: Chr03 坐标: 48455070-48457050 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003127
名称SmilChr03G003127
描述ubiquinone biosynthesis protein COQ4 homolog, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向48455070 - 48457050 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016278
GeneID131016278
locus_tag-
NCBI NameLOC131016278
原始查询SmilChr03G003127

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquinone biosynthesis protein COQ4 homolog, mitochondrial-like
产物ubiquinone biosynthesis protein COQ4 homolog%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT2G03690 (AT2G03690)
coenzyme Q biosynthesis Coq4 family protein / ubiquinone biosynthesis Coq4 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814897]
identity=76.8; qcov=0.982; evalue=3e-130; confidence=high
RiceOs04g0674200
-
identity=76.6; qcov=0.974; evalue=3.83e-131; confidence=high
GOGO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0006744 (ubiquinone biosynthetic process)
KEGGsmil00130 (Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF05019 (Coq4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016278

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057800908.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057800908.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057800908.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800908.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800908.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:48455521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr3:48455565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:48455601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B20,B46,C18,C38
Chr3:48456411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:48456426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr3:48456470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B129,B50,C33
Chr3:48456561 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr3:48456587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr3:48456590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr3:48456680 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A19,B140,C11,C69,C83,D1
Chr3:48456715 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B38,B39,B5,C38,C65,C79
Chr3:48456728 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B41,C10,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800908.1
228 aa
N
1
114
228
Coq4
C
PF05019 Coq4 5-221 aa
XP_057800909.1
228 aa
N
1
114
228
Coq4
C
PF05019 Coq4 5-221 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800908.1 Pfam PF05019 Coq4 Family 5 221 1.2e-77 260.9 Coenzyme Q (ubiquinone) biosynthesis protein Coq4
XP_057800909.1 Pfam PF05019 Coq4 Family 5 221 1.2e-77 260.9 Coenzyme Q (ubiquinone) biosynthesis protein Coq4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944925.1
ATTTGATTTGATACTAAACACCCATCATCATTCTTCTTGAACCCTAATTCCCCTTCTCCCTCGTCTGCATATTGAATTCCAGATTTTGCATCTTCAATTCCAGAGTTTGGGGACACAACAACAGATTGAAGAAGAGCCTCAGCGCCGCACATATTGGTGCGCTTCAGCGTGGCTTTGGCTTGAGGCGCGGGAGATGATAGGGGGTGGTCGAGTGAAACTCAAGGGATGGCAGCAAGCTGCTGTTGCAGTTAGATCAGCTG...
XM_057944926.1
ACCCATCATCATTCTTCTTGAACCCTAATTCCCCTTCTCCCTCGTCTGCATATTGAATTCCAGATTTTGCATCTTCAATTCCAGAGTTTGGGGACACAACAACAGATTGAAGAAGAGGTATTTATGGAAGATGATCTCACCTTACATTTCTTTTTTTATGGTGAAGATGTTGAATGAATTTTGTTGATGTGATTACTGAAATCCATGTTTATGCGTAAAATTGCTGAAATCACGTCTGAAATTGTTGCCGAAATCATGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016278
ATGATAGGGGGTGGTCGAGTGAAACTCAAGGGATGGCAGCAAGCTGCTGTTGCAGTTAGATCAGCTGTTGGAGCGTTGTTGGATCCGCGAAGAGCTGATTTGATAGCTGCTCTTGGGGAGACCACTGGAAAGCCTGCATTTCAAAGGGTTCTTGAGAGAATGAAGACAAGTCCAGAAGGGAGGGCTGTACTACTGGAGCGCCCTCGTGTCATCTTTGCTAACGTAGGGCATGCATGGGACCTTCCGCCAAACACATTTGG...
LOC131016278
ATGATAGGGGGTGGTCGAGTGAAACTCAAGGGATGGCAGCAAGCTGCTGTTGCAGTTAGATCAGCTGTTGGAGCGTTGTTGGATCCGCGAAGAGCTGATTTGATAGCTGCTCTTGGGGAGACCACTGGAAAGCCTGCATTTCAAAGGGTTCTTGAGAGAATGAAGACAAGTCCAGAAGGGAGGGCTGTACTACTGGAGCGCCCTCGTGTCATCTTTGCTAACGTAGGGCATGCATGGGACCTTCCGCCAAACACATTTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057800908.1
MIGGGRVKLKGWQQAAVAVRSAVGALLDPRRADLIAALGETTGKPAFQRVLERMKTSPEGRAVLLERPRVIFANVGHAWDLPPNTFGATYAKFMGSRNFSPDDRPPIRFMETEEIAHLATRAREVHDFWHTLFDLPTNLIGESALKVIEFEQMLLPMCALSVAGGTARFSQSQRNLFYQHYFPWALRAGVRCTDLMCVYYERHFDEDLEDVRWRWGIVPAPPPPLRAA
XP_057800909.1
MIGGGRVKLKGWQQAAVAVRSAVGALLDPRRADLIAALGETTGKPAFQRVLERMKTSPEGRAVLLERPRVIFANVGHAWDLPPNTFGATYAKFMGSRNFSPDDRPPIRFMETEEIAHLATRAREVHDFWHTLFDLPTNLIGESALKVIEFEQMLLPMCALSVAGGTARFSQSQRNLFYQHYFPWALRAGVRCTDLMCVYYERHFDEDLEDVRWRWGIVPAPPPPLRAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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