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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003129

染色体: Chr03 坐标: 48459721-48465168 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003129
名称SmilChr03G003129
描述protein SPIRAL1-like 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向48459721 - 48465168 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016282
GeneID131016282
locus_tag-
NCBI NameLOC131016282
原始查询SmilChr03G003129

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SPIRAL1-like 1
产物protein SPIRAL1-like 1
ArabidopsisAT1G26355 (SP1L1)
SPIRAL1-like1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240366]
identity=71.9; qcov=0.991; evalue=5.93e-51; confidence=high
RiceOs12g0502000
-
identity=53.7; qcov=0.826; evalue=8e-25; confidence=medium
GOGO:0010005 (cortical microtubule, transverse to long axis); GO:0043622 (cortical microtubule organization)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016282

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057800917.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057800917.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057800917.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800917.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800917.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:48463951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:48464055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B86
Chr3:48464095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B5,C52,C65,C79
Chr3:48464748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr3:48464788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944937.1
AGAAACTGCTATATCCACTCCGAAATTATTCCCTCCACTCTCGCACCATCACTCATTGGCTGTCCTTCCGCTAAATTCCAAATTCTACATTGCCAGCCCCCCTGTAAGATTCAATAAATGACTGGAAGCAGTAACCTCGTGCTCCATAATACTTTTCATGGCTCCATACGGTAGATCTGATCAAGAAAAGGTGAAAGATTAAGCTTGTAACTTTTGATCATAGACGAATAGGAGATATGGGTCGTGGAGTTAGCAGCGGT...
XM_057944934.1
TCTACCAAAAGCATCAGTGACGCTTGTTCCTCACTTTGAAATCCCTAAATCCCTAACCCTTCTCAAAAGCAACAGTCGCGCCGCCCACCACCCTCCTCCGCCACCATCTCCGCCGGAAATCAGTCTCCTGCAGACCGCCGCAATCTCCGCCCTTGCTGTGAAGTCGCCGCTGCCGCCGTACCTAAATCCCTAAATCCCTAACAATCGCGCCGCCCACCACCCTCCTCCGCCGGAAATCAGTCTCCTGCAGACCGCCGCAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131016282
ATGGGTCGTGGAGTTAGCAGCGGTGGAGGGCAGAGTTCGTTGGGTTACTTGTTTGGTAGCGGTGAGGCTCCAAAACCAGCAGTGGGGAAAGCACAAGCTGCACCGAGTGAGAGTAGTGTTGCTAGTAAAGAACCTTCGCCAAAGCCTAATGCCGCTCCTAAGCCAGTAGACGTTAGCAAGCAGATTCCTGCAGGGATTCATAGTAGCACCACCAACAACTACGTCAGAGCAGATGGTCAGAGTACTTGCAATTTTATCAC...
LOC131016282
ATGGGTCGTGGAGTTAGCAGCGGTGGAGGGCAGAGTTCGTTGGGTTACTTGTTTGGTAGCGGTGAGGCTCCAAAACCAGCAGTGGGGAAAGCACAAGCTGCACCGAGTGAGAGTAGTGTTGCTAGTAAAGAACCTTCGCCAAAGCCTAATGCCGCTCCTAAGCCAGTAGACGTTAGCAAGCAGATTCCTGCAGGGATTCATAGTAGCACCACCAACAACTACGTCAGAGCAGATGGTCAGAGTACTTGCAATTTTATCAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057800917.1
MGRGVSSGGGQSSLGYLFGSGEAPKPAVGKAQAAPSESSVASKEPSPKPNAAPKPVDVSKQIPAGIHSSTTNNYVRADGQSTCNFITDRPSTKVHAAPGGSSSLGYLFGGGSSSN
XP_057800918.1
MGRGVSSGGGQSSLGYLFGSGEAPKPAVGKAQAAPSESSVASKEPSPKPNAAPKPVDVSKQIPAGIHSSTTNNYVRADGQSTCNFITDRPSTKVHAAPGGSSSLGYLFGGGSSSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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