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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003137

染色体: Chr03 坐标: 48601406-48607011 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003137
名称SmilChr03G003137
描述F-box/kelch-repeat protein SKIP30-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向48601406 - 48607011 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016289
GeneID131016289
locus_tag-
NCBI NameLOC131016289
原始查询SmilChr03G003137

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/kelch-repeat protein SKIP30-like
产物F-box/kelch-repeat protein SKIP30-like
ArabidopsisAT3G63220 (AT3G63220)
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825497]
identity=69.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0388200 (OsFbox549)
-
identity=61.4; qcov=1.01; evalue=8.81e-161; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF01344 (Kelch_1); PF07646 (Kelch_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016289

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057800929.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057800929.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057800929.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800929.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800929.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:48606580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800929.1
345 aa
N
1
172
345
F-box
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_2
C
PF00646 F-box 6-45 aa PF01344 Kelch_1 93-146 aa PF01344 Kelch_1 149-194 aa PF07646 Kelch_2 150-193 aa
XP_057800930.1
345 aa
N
1
172
345
F-box
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_2
C
PF00646 F-box 6-45 aa PF01344 Kelch_1 93-146 aa PF01344 Kelch_1 149-194 aa PF07646 Kelch_2 150-193 aa
XP_057800931.1
345 aa
N
1
172
345
F-box
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_2
C
PF00646 F-box 6-45 aa PF01344 Kelch_1 93-146 aa PF01344 Kelch_1 149-194 aa PF07646 Kelch_2 150-193 aa
XP_057800932.1
345 aa
N
1
172
345
F-box
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_2
C
PF00646 F-box 6-45 aa PF01344 Kelch_1 93-146 aa PF01344 Kelch_1 149-194 aa PF07646 Kelch_2 150-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800929.1 Pfam PF00646 F-box Domain 6 45 1.6e-05 25.3 F-box domain
XP_057800929.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 93 146 7.9e-26 89.9 Kelch motif
XP_057800929.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 149 194 7.9e-26 89.9 Kelch motif
XP_057800929.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 150 193 9.6e-14 51.3 Kelch motif
XP_057800930.1 Pfam PF00646 F-box Domain 6 45 1.6e-05 25.3 F-box domain
XP_057800930.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 93 146 7.9e-26 89.9 Kelch motif
XP_057800930.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 149 194 7.9e-26 89.9 Kelch motif
XP_057800930.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 150 193 9.6e-14 51.3 Kelch motif
XP_057800931.1 Pfam PF00646 F-box Domain 6 45 1.6e-05 25.3 F-box domain
XP_057800931.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 93 146 7.9e-26 89.9 Kelch motif
XP_057800931.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 149 194 7.9e-26 89.9 Kelch motif
XP_057800931.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 150 193 9.6e-14 51.3 Kelch motif
XP_057800932.1 Pfam PF00646 F-box Domain 6 45 1.6e-05 25.3 F-box domain
XP_057800932.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 93 146 7.9e-26 89.9 Kelch motif
XP_057800932.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 149 194 7.9e-26 89.9 Kelch motif
XP_057800932.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 150 193 9.6e-14 51.3 Kelch motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944947.1
TAGATATATAGATATAGATTAAGAAAGACACGCACAATCCCTAACGTTCACCGCTTTGAGTTTTAAATCCGCCGCCCTGCGTTCACCTCCGCCTGAGTTTCCACCGTCCGCCGTCGTCGTGGTTGTGTTTCCCCTCCCCTGAGTTGTAACTGTCCGCCCGCACCGCCTGCCCTCATCGGCCTTGCGTGAGTTTCCGCTGGCCGCCCTCGTCGATCTCGCCTGAGTTTCCACCGTCCGCCATCACCTTTCTTTCTTCTTCC...
XM_057944949.1
TAGATATATAGATATAGATTAAGAAAGACACGCACAATCCCTAACGTTCACCGCTTTGAGTTTTAAATCCGCCGCCCTGCGTTCACCTCCGCCTGAGTTTCCACCGTCCGCCGTCGTCGTGGTTGTGTTTCCCCTCCCCTGAGTTGTAACTGTCCGCCCGCACCGCCTGCCCTCATCGGCCTTGCGTGAGTTTCCGCTGGCCGCCCTCGTCGATCTCGCCTGAGTTTCCACCGTCCGCCATCACCTTTCTTTCTTCTTCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131016289
ATGTCTGGACTCATTGAAGGTCTTCCTGATGCTGTGGTGTTAAGGTGCCTTGCACGGGTTCCTTTTCATCTTCATCCCAAGCTGGAACTTGTTTCACGTTCCTGGCGGGAAGCCATTCGCAGCGCCGAACTCTTCAGAGCCCGTCGAGAGGTAAATGCAACCGAGGATTTCATATGTGTGTGTGCATACGACCCCGACAATCTGTGGCAACTTTATGATCCTCAACATGACCTCTGGATCACTCTTCCTGTACTTCCCTC...
LOC131016289
ATGTCTGGACTCATTGAAGGTCTTCCTGATGCTGTGGTGTTAAGGTGCCTTGCACGGGTTCCTTTTCATCTTCATCCCAAGCTGGAACTTGTTTCACGTTCCTGGCGGGAAGCCATTCGCAGCGCCGAACTCTTCAGAGCCCGTCGAGAGGTAAATGCAACCGAGGATTTCATATGTGTGTGTGCATACGACCCCGACAATCTGTGGCAACTTTATGATCCTCAACATGACCTCTGGATCACTCTTCCTGTACTTCCCTC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057800929.1
MSGLIEGLPDAVVLRCLARVPFHLHPKLELVSRSWREAIRSAELFRARREVNATEDFICVCAYDPDNLWQLYDPQHDLWITLPVLPSSIRHLAHFGVVSAAGKLFVLGGGSDAVDPLTGDQDGCFATDEVWSYDPMTREWTLRASMIVPRAMFACCVLDEKIIVAGGFTNCRKSITKAEIYDPEKDTWLSIPDLHQSHNSACTGVVIEGKVHILHKGLSTVQVLENIKQGWTVHDFSWLQGPMAVVKGKLYIMSHAQICK...
XP_057800930.1
MSGLIEGLPDAVVLRCLARVPFHLHPKLELVSRSWREAIRSAELFRARREVNATEDFICVCAYDPDNLWQLYDPQHDLWITLPVLPSSIRHLAHFGVVSAAGKLFVLGGGSDAVDPLTGDQDGCFATDEVWSYDPMTREWTLRASMIVPRAMFACCVLDEKIIVAGGFTNCRKSITKAEIYDPEKDTWLSIPDLHQSHNSACTGVVIEGKVHILHKGLSTVQVLENIKQGWTVHDFSWLQGPMAVVKGKLYIMSHAQICK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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