当前解析结果
SmilChr03G003157| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003157 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003157 |
| 描述 | non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 48915545 - 48916875 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016336 |
|---|---|
| GeneID | 131016336 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016336 |
| 原始查询 | SmilChr03G003157 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 5-like |
| 产物 | non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 5-like |
| Arabidopsis | AT1G03103 (AT1G03103)Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745739] identity=33.9; qcov=0.907; evalue=1.56e-16; confidence=low |
| Rice | Os07g0174900 (OsLTPG16)- identity=44.2; qcov=0.423; evalue=3.33e-17; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016336 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057801011.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801011.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801011.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801011.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057801011.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:48915996 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B18,B85,C18,C2 |
Chr3:48916044 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B1 |
Chr3:48916084 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B27,B75,C53,D5 |
Chr3:48916398 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B128 |
Chr3:48916406 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,C54 |
Chr3:48916594 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A7,B27,B40,C44,C79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801011.1PF14368
LTP_2 22-104 aa
PF00234
Tryp_alpha_amyl 31-106 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801011.1 |
Pfam | PF14368 |
LTP_2 | Family | 22 | 104 | 1.3e-13 | 51.6 | Probable lipid transfer |
XP_057801011.1 |
Pfam | PF00234 |
Tryp_alpha_amyl | Domain | 31 | 106 | 9.7e-09 | 36.1 | Protease inhibitor/seed storage/LTP family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。