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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003172

染色体: Chr03 坐标: 49092602-49094575 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003172
名称SmilChr03G003172
描述protein ANTAGONIST OF LIKE HETEROCHROMATIN PROTEIN 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向49092602 - 49094575 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016322
GeneID131016322
locus_tag-
NCBI NameLOC131016322
原始查询SmilChr03G003172

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ANTAGONIST OF LIKE HETEROCHROMATIN PROTEIN 1
产物protein ANTAGONIST OF LIKE HETEROCHROMATIN PROTEIN 1
ArabidopsisAT3G63270 (AT3G63270)
nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825502]
identity=71.5; qcov=0.903; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0175100 (OJ1656_E11.131)
-
identity=65.2; qcov=0.889; evalue=5.92e-174; confidence=high
GOGO:0003682 (chromatin binding); GO:0035098 (ESC/E(Z) complex); GO:0035102 (PRC1 complex)
KEGG-
PfamPF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016322

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800990.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800990.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800990.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800990.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800990.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:49092888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:49092975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:49093052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800990.1
404 aa
N
1
202
404
DDE_Tnp_4
C
PF13359 DDE_Tnp_4 187-348 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800990.1 Pfam PF13359 DDE_Tnp_4 Domain 187 348 2.1e-16 60.7 DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945007.1
GTAGTATACGAATAGGATTTCGAGCGAAATCAAACTCGGGTGCAGTACGCCAGAATGCACCCAAGTGCCTTTCTTCTTTTGTATTGAGGCGTTTTGAACGTCATTTCATTTTTCTTTCAACTCATAGAAAGTTTTGAAGGATTTCGGCTCTTAGAAATAAAATAAAATCAATGTGAAAACTTTTTCCACTTGACTGTTTTGTTTTTTCAGCTGGAGAAATCGAGCAGCTGTGTGTATGGCTCCGCCGAAAAAACCCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016322
ATGGCTCCGCCGAAAAAACCCAACAAAATGAAGAAAGATTCGAAGAAATTTCAGAAGGGGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAACAAGAACAAGATCATTAATAAGACGGTTGCAGTAGACAATAAAGCTATTGATTCCGAATGGTGGGATATTTTCTGGAAGAGGAACTCTAATAATTCCGAGGTTCCACTTGATGAGGACCAAGGATTCAAGCATTTCTTTCGGGTTTCAAAGAAAAGTTTTGAGTACATCTGCTCACTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800990.1
MAPPKKPNKMKKDSKKFQKGKKKKKKNKNKIINKTVAVDNKAIDSEWWDIFWKRNSNNSEVPLDEDQGFKHFFRVSKKSFEYICSLVREDLISRPPSGLINIEGRLLSVEKQVAIALRRLASGESQVSVGASFGVGQSTVSQVTWRFIEAMEERARHHLKWPDLTQMGRITSGFEALCGLPNCCGAIDSTHIVMTLPAVQTSDDWCDQESNYSMFVQGVVDFEMRFLDIVTGWPGGMPISRLLKCSGFYKLCESGARLNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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