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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003174

染色体: Chr03 坐标: 49198344-49201025 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003174
名称SmilChr03G003174
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g08510
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向49198344 - 49201025 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016317
GeneID131016317
locus_tag-
NCBI NameLOC131016317
原始查询SmilChr03G003174

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g08510
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g08510
ArabidopsisAT5G08510 (AT5G08510)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830750]
identity=55.8; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0439300
-
identity=37.2; qcov=0.979; evalue=1.32e-121; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016317

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057800982.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800982.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800982.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800982.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800982.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:49198456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B64,B74,B88,C39
Chr3:49198462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr3:49198471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr3:49198514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,D8
Chr3:49198765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:49198766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B68,D9
Chr3:49198801 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B115
Chr3:49198801 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B115
Chr3:49198961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B68,D9
Chr3:49198985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C20,C34
Chr3:49199425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B8,B9,C25
Chr3:49199550 CGT C 2bp_deletion frameshift_variant 156 A10,A11,A13,A15,A16,A18,A2,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A5,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B107,B109,B110,B111,B112,B114,B118,B120,B121,B122,B124,B127,B13,B130,B132,B133,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B17,B18,B19,B22,B23,B24,B26,B28,B29,B3,B30,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B49,B50,B51,B53,B54,B55,B58,B59,B6,B60,B62,B63,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B73,B75,B77,B8,B80,B83,B84,B85,B86,B88,B90,B92,B93,B95,B98,C11,C13,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C37,C39,C4,C41,C43,C45,C47,C48,C49,C50,C51,C53,C55,C57,C58,C6,C60,C62,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C85,C86,D1,D11,D2,D3,D5,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800982.1
514 aa
N
1
257
514
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
C
PF01535 PPR 49-74 aa PF01535 PPR 120-147 aa PF12854 PPR_1 147-171 aa PF01535 PPR 150-179 aa PF13041 PPR_2 177-227 aa PF13812 PPR_3 178-226 aa PF01535 PPR 180-209 aa PF01535 PPR 252-276 aa PF13041 PPR_2 281-326 aa PF01535 PPR 284-313 aa PF01535 PPR 323-346 aa PF01535 PPR 355-379 aa PF20431 E_motif 398-460 aa PF01535 PPR 422-448 aa
XP_057800983.1
514 aa
N
1
257
514
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
C
PF01535 PPR 49-74 aa PF01535 PPR 120-147 aa PF12854 PPR_1 147-171 aa PF01535 PPR 150-179 aa PF13041 PPR_2 177-227 aa PF13812 PPR_3 178-226 aa PF01535 PPR 180-209 aa PF01535 PPR 252-276 aa PF13041 PPR_2 281-326 aa PF01535 PPR 284-313 aa PF01535 PPR 323-346 aa PF01535 PPR 355-379 aa PF20431 E_motif 398-460 aa PF01535 PPR 422-448 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800982.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 49 74 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800982.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 120 147 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800982.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 147 171 8e-30 103.0 PPR repeat
XP_057800982.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 150 179 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800982.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 177 227 2.1e-54 182.1 PPR repeat family
XP_057800982.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 178 226 6.3e-17 62.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800982.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 180 209 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800982.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 252 276 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800982.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 281 326 2.1e-54 182.1 PPR repeat family
XP_057800982.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 284 313 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800982.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 323 346 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800982.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 355 379 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800982.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 398 460 1.1e-20 74.3 E motif
XP_057800982.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 422 448 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800983.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 49 74 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800983.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 120 147 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800983.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 147 171 8e-30 103.0 PPR repeat
XP_057800983.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 150 179 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800983.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 177 227 2.1e-54 182.1 PPR repeat family
XP_057800983.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 178 226 6.3e-17 62.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800983.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 180 209 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800983.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 252 276 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800983.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 281 326 2.1e-54 182.1 PPR repeat family
XP_057800983.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 284 313 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800983.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 323 346 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800983.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 355 379 1.4e-57 188.7 PPR repeat
XP_057800983.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 398 460 1.1e-20 74.3 E motif
XP_057800983.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 422 448 1.4e-57 188.7 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945000.1
AACCGAACCCATTTGCAAGCCTGGAAAAGTTTCCTTTTCCCCAAAATTCACATCTCATTCGAAAATGCATCATTTGTAAGTTCTCTTTTACTCTTGAGGCTTTGGGTCAGGAAGAGGAGACAGAATTTGATAGAGACATTGCAGGAGATACTTCATACTTACTTGAGCAGAAGGCTGGCCAACGACTCAAAAAGCTTGGCCTTGGCGCTCAATCGTTTTCAAATTCAAGAACACCTACAGATTATAGAAGTCAATCCCTC...
XM_057944999.1
ATGAGAAAATTCATAATTGGGGCAATGTTGAGTCGTAATTATTTGATTTTTTGTACATTAAATCAAAAAATGCTAGTTATTCCATTTCTTTAATCCTCATGGATATTATTTTATTTTTCACTAAATAAGAATTTATAGATTCACCTATTAACTCTTTTCAATTAATTAAACACAAAGCTCCACCAAAGTTAAAAGAGCAAATCGTCTTTTCTTTTCGGAGAAAAGGTTAATAGCTAATCTTTTTAATTAAACACTAAATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016317
ATGAACCAACTCAAACAATTCCACGCTCATTCACTGAGAATCGGCACAGATTTCGCCAAAGATCTGATCACCAAACTATTAGAAATCCCCAACATAAGCTATGCACACAAGGTGCTCGACAGTATTCCCAACCCAACTCTTTCCCTCTACAACAAACTCATCCAAGCACATTCTTCCCACGGCCCGCATTCTCAGTGCCTCTCTCTCTACTCCCAACTCCTCCATCGATGTTTGCTTCCCAGTCCGCACTCCTTCACCCT...
LOC131016317
ATGAACCAACTCAAACAATTCCACGCTCATTCACTGAGAATCGGCACAGATTTCGCCAAAGATCTGATCACCAAACTATTAGAAATCCCCAACATAAGCTATGCACACAAGGTGCTCGACAGTATTCCCAACCCAACTCTTTCCCTCTACAACAAACTCATCCAAGCACATTCTTCCCACGGCCCGCATTCTCAGTGCCTCTCTCTCTACTCCCAACTCCTCCATCGATGTTTGCTTCCCAGTCCGCACTCCTTCACCCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057800982.1
MNQLKQFHAHSLRIGTDFAKDLITKLLEIPNISYAHKVLDSIPNPTLSLYNKLIQAHSSHGPHSQCLSLYSQLLHRCLLPSPHSFTLLFVACAKLSSRPHGQMAHAHFLKFGLDHDVYALTALVDMYAKMGLLHLARKVFDEMDGKDVPTWNSLISGYARRGDLDEALRCFLGMPSRNVISWTALISGYSQNGRYREALEMYLEMEREGRVRPNHVTIASVLPACANLGALEVGQRIEAYARANGYFRNAFVCNAVLELY...
XP_057800983.1
MNQLKQFHAHSLRIGTDFAKDLITKLLEIPNISYAHKVLDSIPNPTLSLYNKLIQAHSSHGPHSQCLSLYSQLLHRCLLPSPHSFTLLFVACAKLSSRPHGQMAHAHFLKFGLDHDVYALTALVDMYAKMGLLHLARKVFDEMDGKDVPTWNSLISGYARRGDLDEALRCFLGMPSRNVISWTALISGYSQNGRYREALEMYLEMEREGRVRPNHVTIASVLPACANLGALEVGQRIEAYARANGYFRNAFVCNAVLELY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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