Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003185

染色体: Chr03 坐标: 49295783-49300810 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003185
名称SmilChr03G003185
描述ETO1-like protein 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向49295783 - 49300810 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016310
GeneID131016310
locus_tag-
NCBI NameLOC131016310
原始查询SmilChr03G003185

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ETO1-like protein 1
产物ETO1-like protein 1
ArabidopsisAT4G02680 (EOL1)
ETO1-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828205]
identity=71.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0178100 (OsETOL2)
-
identity=71.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0010105 (negative regulation of ethylene-activated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF30481 (ETO1_N); PF30484 (ETO1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016310

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057800968.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057800968.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057800968.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800968.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800968.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:49296231 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B137
Chr3:49296231 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 B137
Chr3:49296395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B52,C41,C82
Chr3:49296480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr3:49297562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr3:49297599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:49297923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,B35
Chr3:49298182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:49298320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B5
Chr3:49298387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B21,B37,B6,C34
Chr3:49298458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr3:49298546 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 32 A19,A6,A7,B102,B103,B110,B111,B119,B121,B123,B13,B133,B15,B28,B35,B42,B43,B54,B85,B92,B98,C13,C18,C22,C28,C32,C33,C58,C67,C86,C87,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800968.1
884 aa
N
1
442
884
ETO1_N
ETO1_C
ETO1_C
C
PF30481 ETO1_N 63-150 aa PF30484 ETO1_C 339-541 aa PF30484 ETO1_C 566-884 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800968.1 Pfam PF30481 ETO1_N Repeat 63 150 4.2e-54 181.2 ETO1 N-terminal domain
XP_057800968.1 Pfam PF30484 ETO1_C Repeat 339 541 4.1e-235 779.3 ETO1 C-terminal domain
XP_057800968.1 Pfam PF30484 ETO1_C Repeat 566 884 4.1e-235 779.3 ETO1 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944985.1
ATATATCTTGGAATTTTTTTTTCTAAAGTATCCACTATTGGTGTTTATAAACTTTTTAGATTTATTATTTTTCTTTTTGGTTGTCCTAGATTCATTATTCAATTTTTTCATACAGTAAGATTTGCAGCCTTTTGCCCAACGGACATAAAATAAGTGGATTTTTTTTGAAGACGAAGAAAATGAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGAAAAAGTATAAACTTTTCTTTTACCAAAACGAGAGAAGAGAAAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016310
ATGAGGGCTCTTTTTCCTTCAGAGTCCTGTAAAGAACCATTTCGCAGTGCTATCAATCCTCAGTCATGGCTCCAAGTGGAAAGAGGCAAACTCACTAAATTCGGGCCGCAGTCTCCTTCTTCAATAGAATCCCTTATCAAGGTTCCTGAACCTTCAATTCTTCCGTTCTATAAGCCTGTTGATTATGTTAAAGTGCTAGCTGAAATTCACGAAGAACTTGAGTCATGTCACCCTACAGAAAGATCGAGTCTTTACTTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800968.1
MRALFPSESCKEPFRSAINPQSWLQVERGKLTKFGPQSPSSIESLIKVPEPSILPFYKPVDYVKVLAEIHEELESCHPTERSSLYLLQYQVFKGLGESKLMRRSLRSAWLKASTVHEKLVFGAWLKYEKQGEDIISDLLSSCGKCAKEFGSIDIASEFPVVETPSSLGMLNNTNLPRVVSFQIGNERITCERCKIAGLSTPFHAMLNGCFTESICDDIDLSENNISASGMRIISDFSKTGSLSEVAPSLLLEILVFANRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器