当前解析结果
SmilChr03G003185| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003185 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003185 |
| 描述 | ETO1-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 49295783 - 49300810 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016310 |
|---|---|
| GeneID | 131016310 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016310 |
| 原始查询 | SmilChr03G003185 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ETO1-like protein 1 |
| 产物 | ETO1-like protein 1 |
| Arabidopsis | AT4G02680 (EOL1)ETO1-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828205] identity=71.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0178100 (OsETOL2)- identity=71.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0010105 (negative regulation of ethylene-activated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30481 (ETO1_N); PF30484 (ETO1_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016310 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057800968.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057800968.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057800968.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800968.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800968.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:49296231 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B137 |
Chr3:49296231 |
G |
GT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr3:49296395 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B136,B52,C41,C82 |
Chr3:49296480 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr3:49297562 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C28 |
Chr3:49297599 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr3:49297923 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,B35 |
Chr3:49298182 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr3:49298320 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,B5 |
Chr3:49298387 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B130,B21,B37,B6,C34 |
Chr3:49298458 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr3:49298546 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 32 | A19,A6,A7,B102,B103,B110,B111,B119,B121,B123,B13,B133,B15,B28,B35,B42,B43,B54,B85,B92,B98,C13,C18,C22,C28,C32,C33,C58,C67,C86,C87,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800968.1PF30481
ETO1_N 63-150 aa
PF30484
ETO1_C 339-541 aa
PF30484
ETO1_C 566-884 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800968.1 |
Pfam | PF30481 |
ETO1_N | Repeat | 63 | 150 | 4.2e-54 | 181.2 | ETO1 N-terminal domain |
XP_057800968.1 |
Pfam | PF30484 |
ETO1_C | Repeat | 339 | 541 | 4.1e-235 | 779.3 | ETO1 C-terminal domain |
XP_057800968.1 |
Pfam | PF30484 |
ETO1_C | Repeat | 566 | 884 | 4.1e-235 | 779.3 | ETO1 C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。