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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003186

染色体: Chr03 坐标: 49315917-49333811 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003186
名称SmilChr03G003186
描述probable inactive protein kinase At3g63330
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向49315917 - 49333811 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016306
GeneID131016306
locus_tag-
NCBI NameLOC131016306
原始查询SmilChr03G003186

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive protein kinase At3g63330
产物probable inactive protein kinase At3g63330
ArabidopsisAT3G63340 (AT3G63340)
kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825509]
identity=51.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0586100 (OsPP2C76)
-
identity=49.4; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0044773 (mitotic DNA damage checkpoint signaling)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00481 (PP2C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016306

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057800963.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057800955.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057800955.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800963.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800963.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:49320259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:49321009 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 18 A7,B105,B106,B113,B120,B30,B36,B45,B65,C17,C30,C35,C5,C6,C64,C66,C7,C75
Chr3:49321425 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C60
Chr3:49321425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr3:49322382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:49322689 T TAC 2bp_insertion frameshift_variant 33 A10,A18,A2,A4,B110,B117,B125,B126,B128,B135,B18,B24,B33,B38,B5,B58,B78,B85,B9,B90,B92,B99,C12,C18,C2,C26,C31,C37,C51,C65,C71,C9,D6
Chr3:49322702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B28,C13
Chr3:49324288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr3:49325067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr3:49325104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr3:49331576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr3:49331951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800955.1
1098 aa
N
1
549
1098
PP2C
PP2C
Pkinase
C
PF00481 PP2C 197-258 aa PF00481 PP2C 307-436 aa PF00069 Pkinase 842-1094 aa
XP_057800958.1
1098 aa
N
1
549
1098
PP2C
PP2C
Pkinase
C
PF00481 PP2C 197-258 aa PF00481 PP2C 307-436 aa PF00069 Pkinase 842-1094 aa
XP_057800959.1
1098 aa
N
1
549
1098
PP2C
PP2C
Pkinase
C
PF00481 PP2C 197-258 aa PF00481 PP2C 307-436 aa PF00069 Pkinase 842-1094 aa
XP_057800960.1
1082 aa
N
1
541
1082
PP2C
PP2C
Pkinase
C
PF00481 PP2C 197-258 aa PF00481 PP2C 307-436 aa PF00069 Pkinase 842-991 aa
XP_057800961.1
1082 aa
N
1
541
1082
PP2C
PP2C
Pkinase
C
PF00481 PP2C 197-258 aa PF00481 PP2C 307-436 aa PF00069 Pkinase 842-991 aa
XP_057800962.1
1082 aa
N
1
541
1082
PP2C
PP2C
Pkinase
C
PF00481 PP2C 197-258 aa PF00481 PP2C 307-436 aa PF00069 Pkinase 842-991 aa
XP_057800963.1
630 aa
N
1
315
630
Pkinase
C
PF00069 Pkinase 374-626 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800955.1 Pfam PF00481 PP2C Family 197 258 8.2e-43 147.6 Protein phosphatase 2C
XP_057800955.1 Pfam PF00481 PP2C Family 307 436 8.2e-43 147.6 Protein phosphatase 2C
XP_057800955.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 842 1094 2.4e-26 93.4 Protein kinase domain
XP_057800958.1 Pfam PF00481 PP2C Family 197 258 8.2e-43 147.6 Protein phosphatase 2C
XP_057800958.1 Pfam PF00481 PP2C Family 307 436 8.2e-43 147.6 Protein phosphatase 2C
XP_057800958.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 842 1094 2.4e-26 93.4 Protein kinase domain
XP_057800959.1 Pfam PF00481 PP2C Family 197 258 8.2e-43 147.6 Protein phosphatase 2C
XP_057800959.1 Pfam PF00481 PP2C Family 307 436 8.2e-43 147.6 Protein phosphatase 2C
XP_057800959.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 842 1094 2.4e-26 93.4 Protein kinase domain
XP_057800960.1 Pfam PF00481 PP2C Family 197 258 7.7e-43 147.7 Protein phosphatase 2C
XP_057800960.1 Pfam PF00481 PP2C Family 307 436 7.7e-43 147.7 Protein phosphatase 2C
XP_057800960.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 842 991 6.7e-21 75.6 Protein kinase domain
XP_057800961.1 Pfam PF00481 PP2C Family 197 258 7.7e-43 147.7 Protein phosphatase 2C
XP_057800961.1 Pfam PF00481 PP2C Family 307 436 7.7e-43 147.7 Protein phosphatase 2C
XP_057800961.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 842 991 6.7e-21 75.6 Protein kinase domain
XP_057800962.1 Pfam PF00481 PP2C Family 197 258 7.7e-43 147.7 Protein phosphatase 2C
XP_057800962.1 Pfam PF00481 PP2C Family 307 436 7.7e-43 147.7 Protein phosphatase 2C
XP_057800962.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 842 991 6.7e-21 75.6 Protein kinase domain
XP_057800963.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 374 626 5.6e-27 95.5 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944979.1
GCCAGCCCGAATTTAGCTTCCCTTGTGTATGAATAACTGGAAATTCTTTTCTTCCTTTTGATTTCATCTTCAGATGATGATGATATTCAACGTGTTTGATCTGCTTCTCCTGCTTTCGGGGCTGGCGCTCAGCGCTACCCCTCCCGTCGGAGGAGAATCGCCGACGTGCTTGACGGTGTACCGAGAAGGTGGCGCGACGGCGGTGTTTCAATCCCCAAAATGCCCTCGATGGAACCTCTCGAATTTCAAATCCCAGTCCA...
XM_057944976.1
GCCAGCCCGAATTTAGCTTCCCTTGTGTATGAATAACTGGAAATTCTTTTCTTCCTTTTGATTTCATCTTCAGATGATGATGATATTCAACGTGTTTGATCTGCTTCTCCTGCTTTCGGGGCTGGCGCTCAGCGCTACCCCTCCCGTCGGAGGAGAATCGCCGACGTGCTTGACGGTGTACCGAGAAGGTGGCGCGACGGCGGTGTTTCAATCCCCAAAATGCCCTCGATGGAACCTCTCGAATTTCAAATCCCAGTCCA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131016306
ATGATGATGATATTCAACGTGTTTGATCTGCTTCTCCTGCTTTCGGGGCTGGCGCTCAGCGCTACCCCTCCCGTCGGAGGAGAATCGCCGACGTGCTTGACGGTGTACCGAGAAGGTGGCGCGACGGCGGTGTTTCAATCCCCAAAATGCCCTCGATGGAACCTCTCGAATTTCAAATCCCAGTCCAATCGGCGGCCGGAATCGCGGTCGCTGACGTGTCAGTCTTCTGCGCTCCAAGGCCGCCGGAAATCGCAGGAGGA...
LOC131016306
ATGATGATGATATTCAACGTGTTTGATCTGCTTCTCCTGCTTTCGGGGCTGGCGCTCAGCGCTACCCCTCCCGTCGGAGGAGAATCGCCGACGTGCTTGACGGTGTACCGAGAAGGTGGCGCGACGGCGGTGTTTCAATCCCCAAAATGCCCTCGATGGAACCTCTCGAATTTCAAATCCCAGTCCAATCGGCGGCCGGAATCGCGGTCGCTGACGTGTCAGTCTTCTGCGCTCCAAGGCCGCCGGAAATCGCAGGAGGA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057800955.1
MMMIFNVFDLLLLLSGLALSATPPVGGESPTCLTVYREGGATAVFQSPKCPRWNLSNFKSQSNRRPESRSLTCQSSALQGRRKSQEDRTLCFLDLRIPFPGPKGVKEMSVGIMAVFDGHNGSEASEMASELLLEYFVLHTYFLLDTTYSFLSKKLMRRLPSKGEDAAGFQKIQYEDIDGRILNLGRFKVTLSTILDGSFPFDLLREALLRAIHDIDAKFTKDASRYNLKSGTTAAVVLLADAQILVANLGDSKAFLCSEV...
XP_057800958.1
MMMIFNVFDLLLLLSGLALSATPPVGGESPTCLTVYREGGATAVFQSPKCPRWNLSNFKSQSNRRPESRSLTCQSSALQGRRKSQEDRTLCFLDLRIPFPGPKGVKEMSVGIMAVFDGHNGSEASEMASELLLEYFVLHTYFLLDTTYSFLSKKLMRRLPSKGEDAAGFQKIQYEDIDGRILNLGRFKVTLSTILDGSFPFDLLREALLRAIHDIDAKFTKDASRYNLKSGTTAAVVLLADAQILVANLGDSKAFLCSEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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