Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003187`

染色体: Chr03 坐标: 49325466-49327074 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003187`
名称	SmilChr03G003187
描述	protein TRACHEARY ELEMENT DIFFERENTIATION-RELATED 7A-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	49325466 - 49327074 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016330`
GeneID	`131016330`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016330`
原始查询	`SmilChr03G003187`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein TRACHEARY ELEMENT DIFFERENTIATION-RELATED 7A-like
产物	protein TRACHEARY ELEMENT DIFFERENTIATION-RELATED 7A-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016330

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801001.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057801001.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801001.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801001.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801001.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:49325977`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B80,C22,C56,D7
`Chr3:49326035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B137,B63,B79,D1
`Chr3:49326072`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B107,C1,C17,C24,C31,C4,C49,D3
`Chr3:49326078`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B61
`Chr3:49326078`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B61
`Chr3:49326079`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	57	A11,A13,A18,A21,A23,A3,B1,B10,B102,B107,B118,B120,B132,B135,B140,B20,B25,B26,B32,B36,B37,B45,B6,B64,B67,B7,B71,B72,B74,B75,B79,B80,B82,B83,C16,C19,C22,C24,C28,C3,C30,C32,C40,C44,C55,C59,C61,C65,C67,C68,C69,C72,C77,C79,C8,D8,D9
`Chr3:49326136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B61,C51
`Chr3:49326146`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B105
`Chr3:49326146`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B105
`Chr3:49326197`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	162	A1,A10,A11,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B102,B103,B104,B106,B107,B11,B110,B111,B113,B114,B117,B118,B12,B120,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B131,B132,B133,B135,B137,B138,B14,B140,B16,B18,B19,B2,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B31,B33,B35,B36,B37,B38,B39,B41,B45,B46,B48,B49,B5,B52,B53,B56,B57,B58,B6,B60,B61,B63,B64,B65,B67,B70,B73,B74,B75,B77,B78,B8,B80,B82,B83,B85,B86,B88,B9,B90,B92,B93,B94,B97,B98,B99,C1,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C2,C20,C21,C22,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C44,C46,C47,C49,C51,C58,C59,C6,C61,C64,C65,C66,C67,C70,C71,C72,C73,C75,C78,C79,C8,C86,C9,D11,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr3:49326249`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B17,B51,B71,C56,C87
`Chr3:49326282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B6,C16,C46,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945018.1
TAACCTAATAAGTTTCACTTTTTGTATCATGTTGAAGATTGATTATTGAAAACAGAAGGAATAAGGCCAATTTGCATATGATCAGTGATACAGATCAGTATTTAGTTATAGTTAATTAATTATATATTGTTTCTTTAATTTATTTAGTTATTTAGGCTTAAGTTATTTAGGGCTAGAATAAAGTAATGGGTCATGCTTTTGTATGGGCTTTAAGATATTTCTTGGGCCTCAAGTTTCTGTAGGTCTTTAAATAGTTATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016330
ATGATGGGGAAGACGATAGAGAAGGGTGTTGAGCCTGTTGACTCGATCTTGACAACATTTGAGCGAATAATGGAGAAACTCAATCGCATTGAGGAGTTGCTGGCAATTCGATCAAGAAAAATGAAGCCCTCTCCCATTCCTTGTAGCCAAGATAATGTCAAATCAGCCACGCCGCATCCACATCCTGTTTCTGTGCGGACTCCACCGCATCCACCTTCTGTTTCTGTGATGACTCCACCGCATCCACCTTCTGTTTCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801001.1
MMGKTIEKGVEPVDSILTTFERIMEKLNRIEELLAIRSRKMKPSPIPCSQDNVKSATPHPHPVSVRTPPHPPSVSVMTPPHPPSVSVMTAPHPRPVFVMTPPPPHPVSIMTPPPPPPVSATSLPPQPPVSLTPPPLPLVSMTTPTSLIETVVVVASAPSNILVVALPTRTSSLSRVAPLSTWVDSLSTKTLAPTRMYASFAHRDWKELSQLTKEFLTTINLGRIYKASPRITVQQGEYEFPNQNSLKTGQIWDVF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器