Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003193

染色体: Chr03 坐标: 49396254-49396766 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003193
名称SmilChr03G003193
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向49396254 - 49396766 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018934
GeneID131018934
locus_tag-
NCBI NameLOC131018934
原始查询SmilChr03G003193

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisATMG00810
-
identity=34.3; qcov=1.01; evalue=7.22e-33; confidence=low
RiceOs08g0125300
-
identity=36.8; qcov=1.01; evalue=2.43e-34; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018934

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803601.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057803601.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803601.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803601.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803601.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:49396255 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B123
Chr3:49396255 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B123
Chr3:49396276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr3:49396282 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 42 A13,A16,A2,A20,A9,B103,B108,B12,B126,B131,B133,B137,B20,B26,B46,B54,B59,B67,B8,B82,B90,B94,C12,C23,C28,C3,C31,C36,C40,C42,C43,C45,C49,C57,C62,C63,C74,C78,C87,D1,D10,D2
Chr3:49396314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr3:49396320 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 34 A20,A24,A8,B108,B120,B133,B136,B25,B35,B38,B39,B44,B52,B71,B91,B93,B98,C11,C23,C35,C37,C41,C45,C48,C51,C58,C69,C77,C8,C82,C83,C85,D4,D7
Chr3:49396331 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 6 A14,B51,B6,B85,C65,C81
Chr3:49396347 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 87 A10,A16,A8,B100,B102,B104,B105,B108,B113,B115,B120,B126,B127,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B140,B18,B19,B25,B33,B34,B35,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B46,B5,B51,B52,B67,B70,B71,B73,B85,B90,B91,B92,B93,B94,B98,C11,C12,C13,C15,C18,C19,C2,C23,C27,C3,C35,C37,C4,C41,C45,C48,C50,C51,C55,C58,C65,C69,C76,C77,C78,C79,C8,C82,C83,C85,C9,D11,D2,D4,D5,D7,D8,D9
Chr3:49396360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,C43,C78,D6
Chr3:49396402 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 55 A1,A11,A18,A19,A23,A24,A25,A5,A6,B1,B106,B107,B109,B110,B111,B112,B127,B139,B16,B19,B2,B21,B32,B35,B54,B62,B67,B69,B7,B74,B76,B82,B83,B87,B9,B97,C1,C25,C28,C32,C42,C46,C5,C52,C58,C59,C60,C62,C68,C70,C73,C74,C9,D1,D5
Chr3:49396443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B80,C76,D7
Chr3:49396469 A ATG 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 3 B100,B26,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947618.1
ATGACCAACAAATTCAAGATGTCTATGATGGGAGAAATGAATTTCTTTCTAGGATTACAAGTGAAGCAAACTGAAGAAGAAATACTGATTAATCAGTCAAAATACACCAAGGAACTGATCAACAAGTTCAGAGCTCAACATATGAAGACTGTGAAAATTCCCATGAATACAAATTGGAAAGTGGATCCAGGATCCGAAGGGAAATCAGTATCTCCAACAAAGTATAGAGAAATCATTGGTTCTCTATTCTATCTGACTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018934
ATGACCAACAAATTCAAGATGTCTATGATGGGAGAAATGAATTTCTTTCTAGGATTACAAGTGAAGCAAACTGAAGAAGAAATACTGATTAATCAGTCAAAATACACCAAGGAACTGATCAACAAGTTCAGAGCTCAACATATGAAGACTGTGAAAATTCCCATGAATACAAATTGGAAAGTGGATCCAGGATCCGAAGGGAAATCAGTATCTCCAACAAAGTATAGAGAAATCATTGGTTCTCTATTCTATCTGACTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803601.1
MTNKFKMSMMGEMNFFLGLQVKQTEEEILINQSKYTKELINKFRAQHMKTVKIPMNTNWKVDPGSEGKSVSPTKYREIIGSLFYLTASRPDISFAVGVCARYQSNPKEAHMDAARRILRYLKGIPNVGLWYPSDDNLKLSGYSDSDFAECKIDRKSISGTCQFLGNKLIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器