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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003196

染色体: Chr03 坐标: 49447240-49451315 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003196
名称SmilChr03G003196
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向49447240 - 49451315 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016309
GeneID131016309
locus_tag-
NCBI NameLOC131016309
原始查询SmilChr03G003196

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G63370 (OTP86)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825512]
identity=50.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0355100
-
identity=34.6; qcov=0.947; evalue=0; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016309

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057800967.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057800967.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800967.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800967.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800967.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:49448418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr3:49448571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:49448801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C82
Chr3:49449088 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 1 C61
Chr3:49449088 A ACC 2bp_insertion CDS_variant 1 C61
Chr3:49449091 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 1 C61
Chr3:49449091 A ACC 2bp_insertion CDS_variant 1 C61
Chr3:49449193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C82
Chr3:49449194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,D11
Chr3:49449373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C13
Chr3:49449414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:49449694 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800967.1
922 aa
N
1
461
922
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 99-120 aa PF13041 PPR_2 120-167 aa PF01535 PPR 123-148 aa PF13041 PPR_2 312-358 aa PF01535 PPR 314-343 aa PF01535 PPR 415-445 aa PF01535 PPR 487-513 aa PF01535 PPR 515-545 aa PF01535 PPR 588-613 aa PF13812 PPR_3 614-660 aa PF13041 PPR_2 614-661 aa PF01535 PPR 616-645 aa PF01535 PPR 689-714 aa PF20431 E_motif 731-793 aa PF20430 Eplus_motif 799-825 aa PF14432 DYW_deaminase 830-922 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800967.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 99 120 5.3e-55 180.6 PPR repeat
XP_057800967.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 120 167 1.6e-58 195.3 PPR repeat family
XP_057800967.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 123 148 5.3e-55 180.6 PPR repeat
XP_057800967.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 312 358 1.6e-58 195.3 PPR repeat family
XP_057800967.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 314 343 5.3e-55 180.6 PPR repeat
XP_057800967.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 415 445 5.3e-55 180.6 PPR repeat
XP_057800967.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 487 513 5.3e-55 180.6 PPR repeat
XP_057800967.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 515 545 5.3e-55 180.6 PPR repeat
XP_057800967.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 588 613 5.3e-55 180.6 PPR repeat
XP_057800967.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 614 660 5e-19 68.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800967.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 614 661 1.6e-58 195.3 PPR repeat family
XP_057800967.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 616 645 5.3e-55 180.6 PPR repeat
XP_057800967.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 689 714 5.3e-55 180.6 PPR repeat
XP_057800967.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 731 793 2.7e-28 98.7 E motif
XP_057800967.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 799 825 8.8e-08 32.5 E+ motif
XP_057800967.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 830 922 1.2e-44 150.8 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944984.1
TGCATGAAAGCAGAGCATAATGTCGACGTTAATCCAACACATCAACTTGAGCTCTGCTTCAATCTCCACACCACCTCCCATCCTCACCACATTCCCACTTCTCAAACCCACCAATTTGCGCCAATCCCTTTTCTCATTCACCCATAAATTAATTCTTAGCCCCCCAAACAAGTCTTTGGACGAAGCTTATGCGTCCGTTCTTGATCATTGCGCCGCCCAGAAATCGTTATGGCATGGAAAACAGATTCACGCCCACATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016309
ATGTCGACGTTAATCCAACACATCAACTTGAGCTCTGCTTCAATCTCCACACCACCTCCCATCCTCACCACATTCCCACTTCTCAAACCCACCAATTTGCGCCAATCCCTTTTCTCATTCACCCATAAATTAATTCTTAGCCCCCCAAACAAGTCTTTGGACGAAGCTTATGCGTCCGTTCTTGATCATTGCGCCGCCCAGAAATCGTTATGGCATGGAAAACAGATTCACGCCCACATAATAAAGCGTCACAATGTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800967.1
MSTLIQHINLSSASISTPPPILTTFPLLKPTNLRQSLFSFTHKLILSPPNKSLDEAYASVLDHCAAQKSLWHGKQIHAHIIKRHNVHDFMFLATKLVLLYGKCGSLLDAEELFDEMPERSIFAYNALLGAYVSHGETRRAIQFYADMRFLDVPVDAHTCSSVLKACAGERDTRCGREIHGYMIKLGFLCNDIAVNSLVSVYARCDDVGAVKLLFDQRSGKGDVVLWNLMISTYGLIVFGEMLSAAVTPTTYTFVAALQAC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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