Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003210`

染色体: Chr03 坐标: 49693296-49695448 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003210`
名称	SmilChr03G003210
描述	probable histone H2A variant 3
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	49693296 - 49695448 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016355`
GeneID	`131016355`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016355`
原始查询	`SmilChr03G003210`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable histone H2A variant 3
产物	probable histone H2A variant 3
Arabidopsis	`AT3G54560` (HTA11) histone H2A 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824621] identity=86.1; qcov=1; evalue=5.4e-78; confidence=high
Rice	`Os03g0743400` - identity=89.8; qcov=1; evalue=2.37e-80; confidence=high
GO	GO:0000786 (nucleosome); GO:0003677 (DNA binding); GO:0030527 (structural constituent of chromatin); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG	smil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00125 (Histone); PF16211 (Histone_H2A_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016355

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801035.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057801035.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057801035.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801035.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801035.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:49693704`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B130,B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801035.1

137 aa

137

Histone

Histone_H2A_C

PF00125 Histone 21-105 aa PF16211 Histone_H2A_C 107-136 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801035.1`	Pfam	`PF00125`	Histone	Domain	21	105	3.9e-20	72.7	Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain
`XP_057801035.1`	Pfam	`PF16211`	Histone_H2A_C	Family	107	136	4.8e-11	42.9	C-terminus of histone H2A

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945052.1
AATGGCAAAATTCAGACGGCAGAGAAGCTGTACATGGACGCAAGGACAAGGGCAGAATCGTAATTGAGCCCGGATGTGAAAAATTTCCGGCTTCCGAAATTGCTTTTTCCCACCCAAAAGCAACCGCCAAAATTCCAATCCAGATTCAAAACCTTCACAAAAAAGCAATAAATTTCCTCTATCTTCACTGTTTACACAATTATACACACTCATCTTTAACCTTCCTGCTCCTCTCCTCTTCGTTTTCTCTATCTAATCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016355
ATGGCTGGGAAAGGTGGAAAGGGGCTTGTGGCAGGGAAGACAATGGCAGCTGCAGCAGCTAACAAGGACAAGGACAAGAAGCGACCTGTCTCCCGGTCAGCTCGTGCTGGCCTCCAGTTTCCTGTGGGAAGGATTCATCGCCACCTCAAGTCGAGAACCAATGCCAATGGAAGAGTTGGAGCAACAGCAGCGGTCTACTCTGCTGCAATTCTGGAGTACTTGACTGCTGAAGTGCTTGAGTTGGCTGGAAATGCCAGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801035.1
MAGKGGKGLVAGKTMAAAAANKDKDKKRPVSRSARAGLQFPVGRIHRHLKSRTNANGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKTTKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器