Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003218`

染色体: Chr03 坐标: 49814543-49818683 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003218`
名称	SmilChr03G003218
描述	tryptophan synthase alpha chain
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	49814543 - 49818683 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016361`
GeneID	`131016361`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016361`
原始查询	`SmilChr03G003218`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tryptophan synthase alpha chain
产物	tryptophan synthase alpha chain
Arabidopsis	`AT4G02610` (AT4G02610) Aldolase-type TIM barrel family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828226] identity=79.2; qcov=0.873; evalue=8.33e-160; confidence=high
Rice	`Os07g0182100` (OsTSA) - identity=71; qcov=0.906; evalue=6.99e-134; confidence=high
GO	GO:0000162 (L-tryptophan biosynthetic process); GO:0004834 (tryptophan synthase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	smil00260 (Glycine, serine and threonine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00400 (Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00290 (Trp_syntA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016361

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057801040.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057801040.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801040.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801040.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801040.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:49816371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr3:49818248`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B54,B86,C13,C59
`Chr3:49818283`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C22,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801040.1

308 aa

154

308

Trp_syntA

PF00290 Trp_syntA 51-306 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801040.1`	Pfam	`PF00290`	Trp_syntA	Domain	51	306	2.4e-96	322.3	Tryptophan synthase alpha chain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945057.1
GAGCCGTTTCTTTTAATTATTATATTTAAATTAAAATATTCATAAATAAAATTCTAATTTTATTTGTTTAAATGTATTATTAAATGCAAAAATATAATTTCGTCGGCCTAATTTCAAAACTCTATCTACATTTTTTAATTTTTTTTTGAGGAAGCTACATTTATTATTTGGGAATATTAAATGACATACCACAATATATTGAGCAATATAGATATATTATCGTTTCAGTCTTAAGTCCAAATACAAGGGTTTTAGTTTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016361
ATGGCCGCTGCTGCTCTCACCTCCGCCCGCTTATTCAAACTCAAGACCACCAACTATTCAGCTGAATGCCCTTCTGCCAACAACTCCTTCAAATTGAAGCCGATCATGGCCACCCTCACTGCCGCACCCACCGTTGGAATCTCTGAAACTTTCTCCAGATTGAAAAAACAAGGAAAAGTGGCACTCATTCCGTATATCACAGCTGGTGACCCTGACCTTTCAACAACTGCAGAAGCGCTAAAGGTCCTCGACTCATGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801040.1
MAAAALTSARLFKLKTTNYSAECPSANNSFKLKPIMATLTAAPTVGISETFSRLKKQGKVALIPYITAGDPDLSTTAEALKVLDSCGSDIIELGVPYSDPLADGPVIQAAATRALARGTNFDMIIAMLKEVVPQLSCPVALFSYYNPILKRGVEKFMSTLQETGIHGLVVPDVPLEETDILRKEAANKNIELVLLTTPTTPTERMKAIVEASEGFVYLVSSVGVTGARASVSDKVQTLLVDIKEATSKPVAVGFGISKPE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器