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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003236

染色体: Chr03 坐标: 50263720-50268385 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003236
名称SmilChr03G003236
描述uncharacterized SmilChr03G003236
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向50263720 - 50268385 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016377
GeneID131016377
locus_tag-
NCBI NameLOC131016377
原始查询SmilChr03G003236

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819629]; symbol=TPR10; hit=AT3G04710; species=arabidopsis; confidence=low
产物ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819629]; symbol=TPR10; hit=AT3G04710; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G04710 (TPR10)
ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819629]
identity=32.7; qcov=0.924; evalue=1.79e-61; confidence=low
RiceOs05g0103600
-
identity=34.5; qcov=0.803; evalue=4.59e-61; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016377

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057801049.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057801049.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057801049.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801049.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801049.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:50264342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C37,D7
Chr3:50264754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr3:50264882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr3:50265421 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B106
Chr3:50265421 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B106
Chr3:50265428 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B106
Chr3:50265428 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B106
Chr3:50266824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C37
Chr3:50267805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B138,B47
Chr3:50267834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr3:50268049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:50268058 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B46,C28,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801049.1
473 aa
N
1
236
473
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_4
Ank_3
Ank
Ank_2
Ank
C
PF12796 Ank_2 62-140 aa PF13606 Ank_3 78-101 aa PF00023 Ank 78-103 aa PF13637 Ank_4 82-132 aa PF00023 Ank 112-136 aa PF12796 Ank_2 141-205 aa PF00023 Ank 145-171 aa PF13606 Ank_3 145-171 aa PF13637 Ank_4 149-197 aa PF13606 Ank_3 179-204 aa PF00023 Ank 179-207 aa PF12796 Ank_2 215-296 aa PF00023 Ank 242-272 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801049.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 62 140 5.1e-37 127.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057801049.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 78 101 8.7e-27 90.6 Ankyrin repeat
XP_057801049.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 78 103 7.9e-35 117.6 Ankyrin repeat
XP_057801049.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 82 132 5.8e-26 90.7 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057801049.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 112 136 7.9e-35 117.6 Ankyrin repeat
XP_057801049.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 141 205 5.1e-37 127.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057801049.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 145 171 7.9e-35 117.6 Ankyrin repeat
XP_057801049.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 145 171 8.7e-27 90.6 Ankyrin repeat
XP_057801049.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 149 197 5.8e-26 90.7 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057801049.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 179 204 8.7e-27 90.6 Ankyrin repeat
XP_057801049.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 179 207 7.9e-35 117.6 Ankyrin repeat
XP_057801049.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 215 296 5.1e-37 127.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057801049.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 242 272 7.9e-35 117.6 Ankyrin repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945066.1
TCTCAAGAATAAAAAAGAGTGAAGCTTTTTGGTCACGTCATCATAACCGGTGGAGAAGTGAAAAATCATGAAATGGGAGTTTGTCGTTTGCTTCATAACGGAAAGACACGTGTCTCGACTTTCCATCCCGCCCCTTTCCCTTGGCGCCTTTAGTTAAAACAAATTTTCTGAGTTTTGTTTTTTCCTTGAATTAAATTTTCACCTTTTTCTGGGTTTCCAAACAACCCCTCACGGCTATTTTCTGGCGCTATATAAATAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016377
ATGGCATCTCCTTCTGAATTTGCTAATCCAAGCTTGAATGACGAGGATTCTCCTCTTGAAATTGCTAATCTAAGCTTGAATGACAAGGATTCTCTTACTGAAATTGGCGCTCAGATTTTGAAGGCTGGGGCTAATGGAGACCTTGAAAAACTTAAGGAGATCAAACAGAGTTTTGGAGGTAATAGCAAAACCTTCAAGCTTATCTGTGATATATACAGTGACGTCTCTACGGGATGGAGAGTCTTGCATCTCGCGGCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801049.1
MASPSEFANPSLNDEDSPLEIANLSLNDKDSLTEIGAQILKAGANGDLEKLKEIKQSFGGNSKTFKLICDIYSDVSTGWRVLHLAASMGNLEVCEFLVEHIGTFVDVPSFSGETPMILAAKGQHVQVVEYLIRKTALIQVSDHKGFTALHYAALGDNMALMELLLKNDAPLEIDSVDGTPLQIAASRGNVEAVKLLLEHGAEPNSITSVVASSPLIGAIKSRSLECMECLLEAKADPERFTYGLTPLAYAAKEADTKFLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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