Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003245`

染色体: Chr03 坐标: 50339219-50341847 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003245`
名称	SmilChr03G003245
描述	60S ribosomal protein L4-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	50339219 - 50341847 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016386`
GeneID	`131016386`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016386`
原始查询	`SmilChr03G003245`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L4-like
产物	60S ribosomal protein L4-like
Arabidopsis	`AT3G09630` (AT3G09630) Ribosomal protein L4/L1 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820120] identity=83.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0796501` (OsRPL4) - identity=73.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00573 (Ribosomal_L4); PF14374 (Ribos_L4_asso_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016386

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057801064.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057801064.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801064.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801064.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801064.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:50339685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr3:50341028`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B47,B59,C38
`Chr3:50341246`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B47,B59,C38
`Chr3:50341403`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A1,B2,B83,C59
`Chr3:50341403`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	CDS_variant	4	A1,B2,B83,C59
`Chr3:50341472`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr3:50341640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr3:50341644`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr3:50341719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801064.1

406 aa

203

406

Ribosomal_L4

Ribos_L4_asso_C

PF00573 Ribosomal_L4 28-268 aa PF14374 Ribos_L4_asso_C 282-353 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801064.1`	Pfam	`PF00573`	Ribosomal_L4	Family	28	268	1.1e-33	117.3	Ribosomal protein L4/L1 family
`XP_057801064.1`	Pfam	`PF14374`	Ribos_L4_asso_C	Domain	282	353	4.7e-28	97.7	60S ribosomal protein L4 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945081.1
GTATATAAATCTATAAATATTTTTCCTTAGCTCCATTCTCAACCCTAAATTCTCACTCCACTCAAAACCCTAAACTCAGAGCTTGAGGAAATGGCTGCCGCCGCCCGCCCTCTCGTCACCGTGCAGTCGCTCTCGCTCGAGAGCGACATGGCCACCGACGCCAACTCCGTGCCTCTTCCTGATGTCATGAAGGCGGCGATCCGCCCCGACATCGTTACATTCGTGGACGGCCAAATCTTCAAAAACTCCCGCCAACCATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016386
ATGGCTGCCGCCGCCCGCCCTCTCGTCACCGTGCAGTCGCTCTCGCTCGAGAGCGACATGGCCACCGACGCCAACTCCGTGCCTCTTCCTGATGTCATGAAGGCGGCGATCCGCCCCGACATCGTTACATTCGTGGACGGCCAAATCTTCAAAAACTCCCGCCAACCATACGCCGTCTCCAAGCGCGCCGGCCACCAGACCTCCGCCGAGTCGTGGGGAACCGGTCGTGCCGTATCACGTATCCCCCGTGTGCCTGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801064.1
MAAAARPLVTVQSLSLESDMATDANSVPLPDVMKAAIRPDIVTFVDGQIFKNSRQPYAVSKRAGHQTSAESWGTGRAVSRIPRVPGGGTHRAGQGAFGNMCRGGRMFAPTKIWRRWHRRVNVTQKRHAVVSAIAASAVPSLVLARGHKIEEVPELPLVVSDTAEAVEKTSAALKVLKQIGAHPDAEKAKDSQGIRAGKGKMRNRRYISRKGPLVVYGNEGAKLVKAFRNIPGVEVAHVSRLNLLKLAPGGHLGRFVIWTK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器