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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003253

染色体: Chr03 坐标: 50409949-50419901 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003253
名称SmilChr03G003253
描述uncharacterized SmilChr03G003253
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向50409949 - 50419901 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014155
GeneID131014155
locus_tag-
NCBI NameLOC131014155
原始查询SmilChr03G003253

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831132]; symbol=AT5G12920; hit=AT5G12920; species=arabidopsis; confidence=high
产物Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831132]; symbol=AT5G12920; hit=AT5G12920; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G12920 (AT5G12920)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831132]
identity=49.7; qcov=1.02; evalue=3.42e-167; confidence=high
RiceOs02g0591600 (OsWD40-46)
-
identity=46.3; qcov=1.03; evalue=6.01e-138; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014155

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057798023.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798023.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798023.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798023.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798023.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:50410743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr3:50410745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr3:50411402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr3:50412017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C33
Chr3:50414178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr3:50414256 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B110
Chr3:50414256 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B110
Chr3:50417482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:50418185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr3:50418215 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B134
Chr3:50418237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:50418250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B25,B99,C23,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942040.1
AAGTTATTGGGTCAATTTTGTGTGGGCTGAGTTGGCAGTCATTTATATCAGAGGCCCAACAACCGAATTTGGAGATCACATTACTCAGCAAATTTGGGCGGGAAATGGCACAAGTAATTCAGCTGCCTCCTCAACTCAAGGTAGTCGGCACATAAAATAAAATAAAAACAAACGATAATTTTGTGTGCGAATTCATGGAAAAATACTTGGATCCTGCAGCAACGGAGAAAACCAAGTCCGTGAAGCGGCGGCCGTGGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014155
ATGGAAAAATACTTGGATCCTGCAGCAACGGAGAAAACCAAGTCCGTGAAGCGGCGGCCGTGGAAGAGAAGTCTTGTCGAATTAAACGGAAGAGCCGATCCCAATTATCGCCATTATCTTTCTTCTCTTATAATTAATTCATATTCTAAGAAAGGAGCATTTCCTCATAAATATCATGTCAATGGGGAGCCTTGCCAGACCCACATTGGTTGGTTTATCAACGGTGGACTGAATGATTACTCAAGTGCAATCACAAGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798023.1
MEKYLDPAATEKTKSVKRRPWKRSLVELNGRADPNYRHYLSSLIINSYSKKGAFPHKYHVNGEPCQTHIGWFINGGLNDYSSAITRQGISSLEFDSKGVYLASVTKSGCLTVHDFDNIRSPDSKEDEGKQLLHISTSQQIDVVRWNLTNQDEIACTSMRSSEIHIFDIGYISSEPVEVLRKRPNITVHGLNVHKGFSDIAFSSDDNSRLLASDTSGVINIWDRRVSDVPCLELTTNSTGLLNSIKLSGDNEIVFGASKQG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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