Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003259`

染色体: Chr03 坐标: 50493376-50494987 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003259`
名称	SmilChr03G003259
描述	uncharacterized SmilChr03G003259
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	50493376 - 50494987 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014162`
GeneID	`131014162`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014162`
原始查询	`SmilChr03G003259`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=28.5; qcov=0.671; evalue=6.31e-21; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=28.5; qcov=0.963; evalue=7.68e-47; confidence=low
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005507 (copper ion binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014162

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057798030.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798030.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798030.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057798030.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057798030.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:50493440`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,B2
`Chr3:50493443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B38,B48,C59
`Chr3:50493453`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,B32
`Chr3:50493487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,C47
`Chr3:50493490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B129,B3,B91,C6,C84
`Chr3:50493493`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B103,B104,B126,C8
`Chr3:50493493`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B103,B104,B126,C8
`Chr3:50493518`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C21,C77
`Chr3:50493518`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C21,C77
`Chr3:50493531`	`G`	`GA`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	2	C21,C77
`Chr3:50493531`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C21,C77
`Chr3:50493553`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798030.1

350 aa

175

350

SWIM

PF04434 SWIM 114-152 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798030.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	114	152	2.3e-09	37.3	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942047.1
TGTCTTGCACCATTTGCTGAGAGCATGTAGGGCAACTTATCAAGCAGAATTTGAAGTAGCAATGGAGGAGATGAAATCTGAAAGTGAAGCAGCATACAATGACTTCATGGACAGGGAATACCACAGGTTCTGTAGGTCTTTTGTTTCAACTGCTTGTGTGTCTGATATGATTGACAATAATGTCTCAGAGACATTCAATGGTTATATTGTCAAAGCTAGGGCTAAGCATATCATTACAATGCTAGAGGATATTAGAATAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014162
ATGGAGGAGATGAAATCTGAAAGTGAAGCAGCATACAATGACTTCATGGACAGGGAATACCACAGGTTCTGTAGGTCTTTTGTTTCAACTGCTTGTGTGTCTGATATGATTGACAATAATGTCTCAGAGACATTCAATGGTTATATTGTCAAAGCTAGGGCTAAGCATATCATTACAATGCTAGAGGATATTAGAATAGCATTGAGAGAAAGACAGTACAAGAAATTGGGATTGGTTACAGGGTCTACAGATAGGCTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798030.1
MEEMKSESEAAYNDFMDREYHRFCRSFVSTACVSDMIDNNVSETFNGYIVKARAKHIITMLEDIRIALRERQYKKLGLVTGSTDRLCPNIKKKLEKLKHDVRICRAHPGLGGKFEVSCYEDRLIVHLGDRTCSCRQWDLCGIPCKHAVAALHFMKEEPTDYVNECYSVDKYLKAYAYALEPINGKKMWPKGVGYPVEPPMIKSMPGRPKKKRKRDIDERDPHNSTRLKRVGLRMTCQKCLQVGHNARTCKNEAVEKDDAN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器