当前解析结果
SmilChr03G003261| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003261 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003261 |
| 描述 | proteinase inhibitor |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 50516628 - 50517259 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014164 |
|---|---|
| GeneID | 131014164 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014164 |
| 原始查询 | SmilChr03G003261 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | proteinase inhibitor |
| 产物 | proteinase inhibitor |
| Arabidopsis | AT2G38870 (AT2G38870)Serine protease inhibitor, potato inhibitor I-type family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818471] identity=65.7; qcov=1; evalue=1.87e-27; confidence=medium |
| Rice | Os12g0548401- identity=43.2; qcov=1.06; evalue=5.19e-12; confidence=low |
| GO | GO:0004867 (serine-type endopeptidase inhibitor activity); GO:0009611 (response to wounding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00280 (potato_inhibit) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014164 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057798031.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057798031.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057798031.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057798031.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798031.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:50516890 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B24,B28,B40,D3 |
Chr3:50516930 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B128,C32,C37,C68 |
Chr3:50517030 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 45 | A1,A10,A16,A18,A2,A20,A3,B108,B111,B113,B120,B126,B127,B130,B133,B136,B139,B19,B2,B25,B33,B4,B44,B7,B73,B77,B83,B90,B92,B97,B99,C10,C11,C23,C27,C55,C59,C63,C69,C9,D1,D5,D7,D8,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798031.1PF00280
potato_inhibit 7-70 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798031.1 |
Pfam | PF00280 |
potato_inhibit | Domain | 7 | 70 | 8.4e-27 | 94.1 | Potato inhibitor I family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。