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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003261

染色体: Chr03 坐标: 50516628-50517259 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003261
名称SmilChr03G003261
描述proteinase inhibitor
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向50516628 - 50517259 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014164
GeneID131014164
locus_tag-
NCBI NameLOC131014164
原始查询SmilChr03G003261

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述proteinase inhibitor
产物proteinase inhibitor
ArabidopsisAT2G38870 (AT2G38870)
Serine protease inhibitor, potato inhibitor I-type family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818471]
identity=65.7; qcov=1; evalue=1.87e-27; confidence=medium
RiceOs12g0548401
-
identity=43.2; qcov=1.06; evalue=5.19e-12; confidence=low
GOGO:0004867 (serine-type endopeptidase inhibitor activity); GO:0009611 (response to wounding)
KEGG-
PfamPF00280 (potato_inhibit)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014164

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057798031.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057798031.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057798031.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798031.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798031.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:50516890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B28,B40,D3
Chr3:50516930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B128,C32,C37,C68
Chr3:50517030 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 45 A1,A10,A16,A18,A2,A20,A3,B108,B111,B113,B120,B126,B127,B130,B133,B136,B139,B19,B2,B25,B33,B4,B44,B7,B73,B77,B83,B90,B92,B97,B99,C10,C11,C23,C27,C55,C59,C63,C69,C9,D1,D5,D7,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798031.1
70 aa
N
1
35
70
potato_inhibit
C
PF00280 potato_inhibit 7-70 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798031.1 Pfam PF00280 potato_inhibit Domain 7 70 8.4e-27 94.1 Potato inhibitor I family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942048.1
CAATCAACAAAATCGGCAGATGACGTGCAATTTTTCAAAGTTCATTCTAAACGTACAATTTACTCTCTCTATAAATATGGAGTGAAGTATGTGCCATATATTTACCATCATTTATCAAAATTAATCAATTAATAGTAGATATGGCAAGCTCGTGTCCAGGGAAGAATTCGTGGCCGGAGTTGGTGGGGAAGAATGGAGAGGATGCGGCGGTCGTGATAGAGAGAGAAAATCGAAAAGTGGATGCGATAGTTCTAAAAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014164
ATGGCAAGCTCGTGTCCAGGGAAGAATTCGTGGCCGGAGTTGGTGGGGAAGAATGGAGAGGATGCGGCGGTCGTGATAGAGAGAGAAAATCGAAAAGTGGATGCGATAGTTCTAAAAGACGGAACTCCGGTTACCAAGGATTTCCGCTGCGACCGTGTGTGGGTTTGGGTCGACGATTGGGGGATCGTGGTTCGTACACCCACCGCCGGTTAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798031.1
MASSCPGKNSWPELVGKNGEDAAVVIERENRKVDAIVLKDGTPVTKDFRCDRVWVWVDDWGIVVRTPTAG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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