Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003268`

染色体: Chr03 坐标: 50609797-50611658 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003268`
名称	SmilChr03G003268
描述	11S globulin seed storage protein 2-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	50609797 - 50611658 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014171`
GeneID	`131014171`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014171`
原始查询	`SmilChr03G003268`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	11S globulin seed storage protein 2-like
产物	11S globulin seed storage protein 2-like
Arabidopsis	`AT5G44120` (CRA1) RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834435] identity=36.7; qcov=0.915; evalue=2.36e-98; confidence=medium
Rice	`Os01g0762500` (Glua1*) - identity=36.6; qcov=1.04; evalue=1.99e-109; confidence=medium
GO	GO:0045735 (nutrient reservoir activity)
KEGG	-
Pfam	PF00190 (Cupin_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014171

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057798043.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057798043.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798043.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798043.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798043.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:50609958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr3:50610023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr3:50610242`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr3:50610254`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,D6
`Chr3:50610634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,D7
`Chr3:50610754`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C2
`Chr3:50611051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B109,B63,B95
`Chr3:50611060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C72,D11
`Chr3:50611288`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B87,C13,C51
`Chr3:50611292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B87,C13,C51
`Chr3:50611300`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B87,C13,C51
`Chr3:50611300`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B87,C13,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798043.1

459 aa

230

459

Cupin_1

PF00190 Cupin_1 52-197 aa PF00190 Cupin_1 291-435 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798043.1`	Pfam	`PF00190`	Cupin_1	Domain	52	197	9.5e-59	198.0	Cupin
`XP_057798043.1`	Pfam	`PF00190`	Cupin_1	Domain	291	435	9.5e-59	198.0	Cupin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942060.1
AATCCCCTTGCGATGTGTCTGCTGACCCACGCCACACTCCATGCAGATGCAGACACCCTAAACCCCCTTATAAAATCCCACCATTCCACTCCCACATTCCTCACTACTCATCTCTCTCTCTCTCCCCTAATCAACAATGGCGTCCAAGTTTCTTCTCGCTCTCTCTCTATCCCTCCTAGTTTCAGCTGCGCTTGGAGATAGACAATATGCACCGAGAGAAACCATGGCCGGCCGGCCCCTCCGCTTGAGCCGCCCCCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014171
ATGGCGTCCAAGTTTCTTCTCGCTCTCTCTCTATCCCTCCTAGTTTCAGCTGCGCTTGGAGATAGACAATATGCACCGAGAGAAACCATGGCCGGCCGGCCCCTCCGCTTGAGCCGCCCCCAGCAATGCCGCATCCAGCGTATCTCCGCCGTCCAGCCCCGCAACCAGATCCAGTCCGAGGGCGGCTTCACCGAGCTCTGGGACGAGTTCGAGGATCAGTTCCAATGCGCCGGCGTCGTCGCCATGAGGAACACTCTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798043.1
MASKFLLALSLSLLVSAALGDRQYAPRETMAGRPLRLSRPQQCRIQRISAVQPRNQIQSEGGFTELWDEFEDQFQCAGVVAMRNTLRPNALSLPNYHPNPRLIYIERGQGFIGVIFPGCAETYQARGGQQEAQREGDERDLHQKIHRIRRGDVIALPPGAVHWCHNDGSEDLIAVSINDLNHQSNQLDQKFRAFYLAGSAPQRGKGGEESTFHNIFQAFDAELMAEAFNVSPDLIRRMQATEEERGLSVIARESMSYIRP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器