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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003276`

染色体: Chr03 坐标: 50707665-50713095 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003276`
名称	SmilChr03G003276
描述	geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha 1
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	50707665 - 50713095 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014176`
GeneID	`131014176`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014176`
原始查询	`SmilChr03G003276`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha 1
产物	geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha 1
Arabidopsis	`AT4G24490` (RGTA1) RAB geranylgeranyl transferase alpha subunit 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828551] identity=48.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0677500` - identity=46.5; qcov=1.02; evalue=3.51e-174; confidence=high
GO	GO:0004663 (Rab geranylgeranyltransferase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005968 (Rab-protein geranylgeranyltransferase complex); GO:0018344 (protein geranylgeranylation)
KEGG	-
Pfam	PF01239 (PPTA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014176

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057798050.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057798050.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798050.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798050.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798050.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:50707815`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,C11,C69
`Chr3:50707833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr3:50708028`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,B98
`Chr3:50708046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,B98
`Chr3:50710180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B47
`Chr3:50710459`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr3:50710583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr3:50712085`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B47
`Chr3:50712108`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B124
`Chr3:50712834`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B46,C78,D2,D5
`Chr3:50712837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B74,C15,C20,C79
`Chr3:50712873`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798050.1

695 aa

348

695

PPTA

PF01239 PPTA 42-72 aa PF01239 PPTA 90-120 aa PF01239 PPTA 126-152 aa PF01239 PPTA 161-191 aa PF01239 PPTA 207-236 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798050.1`	Pfam	`PF01239`	PPTA	Repeat	42	72	9.2e-43	141.9	Protein prenyltransferase alpha subunit repeat
`XP_057798050.1`	Pfam	`PF01239`	PPTA	Repeat	90	120	9.2e-43	141.9	Protein prenyltransferase alpha subunit repeat
`XP_057798050.1`	Pfam	`PF01239`	PPTA	Repeat	126	152	9.2e-43	141.9	Protein prenyltransferase alpha subunit repeat
`XP_057798050.1`	Pfam	`PF01239`	PPTA	Repeat	161	191	9.2e-43	141.9	Protein prenyltransferase alpha subunit repeat
`XP_057798050.1`	Pfam	`PF01239`	PPTA	Repeat	207	236	9.2e-43	141.9	Protein prenyltransferase alpha subunit repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942067.1
CCCGTATCTAAACTTAACTGGGAAGGTATGATAACTTATTTTTGACATTTGCAATTCTAGAGTTTGAAGATCTAAACCCTCTCGATCAACGAATTCAATATTTCTTGAGAGAGAGAGAATGCACGGGATACCGCGCAAAGCCCCAACTCAGGAAGAGCGAGATGACTCGTCTCTCAGAGCCGCCAAACTTCGCGATCTCCAATCTCAACTCCTCCACTTTCACCACAACAAAATATACACGAAAGAAGCGATAGAAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014176
ATGCACGGGATACCGCGCAAAGCCCCAACTCAGGAAGAGCGAGATGACTCGTCTCTCAGAGCCGCCAAACTTCGCGATCTCCAATCTCAACTCCTCCACTTTCACCACAACAAAATATACACGAAAGAAGCGATAGAAACCAGTGCGAAGCTGTTGGAATCAAATCCCGAGCATTACACCGGTTGGAATTACCGGAAGCTCGCGGTTCAGCACCTTCTCGATCGACACAAGGAGGATGGAGTTGATTCGGAGTCGGCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798050.1
MHGIPRKAPTQEERDDSSLRAAKLRDLQSQLLHFHHNKIYTKEAIETSAKLLESNPEHYTGWNYRKLAVQHLLDRHKEDGVDSESAQSILDEELILVENALKRNFKAYGAWHHRKWVLSKGHSSSDRELRLLGKFQKLDSRNFHAWNYRRFITELKKIPDEDELQYTTDMIYDNFSNYSAWHNRSMLLSKLLEKSAKGYDKKENVLSEEFEFVRNALFTDPDDQSGWFYHLWLLDQTLKREPLFISSWPPHGSNLSLSID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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