Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003280`

染色体: Chr03 坐标: 50802885-50804174 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003280`
名称	SmilChr03G003280
描述	uncharacterized SmilChr03G003280
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	50802885 - 50804174 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018949`
GeneID	`131018949`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018949`
原始查询	`SmilChr03G003280`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=25.7; qcov=0.341; evalue=1.96e-12; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018949

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803614.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057803614.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803614.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803614.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803614.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:50802896`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,B23,D2
`Chr3:50802912`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	18	B102,B103,B108,B115,B121,B32,B37,B53,B54,B68,B89,B99,C19,C26,C33,C34,C41,C87
`Chr3:50802914`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	A4,A8,B102,B64,B74,C19,C22
`Chr3:50802921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B137,B77,C31,C32
`Chr3:50802924`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B68,B71,C32,C48,C61,C68,C86
`Chr3:50802936`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B8,C73,C87
`Chr3:50802939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,D2
`Chr3:50802944`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,C85
`Chr3:50802953`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B77
`Chr3:50802958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B83,C59
`Chr3:50802963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B54,B66,C79
`Chr3:50802971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B139,B26,B87,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947631.1
ATGACCAAACCCAGCACTTCTGCAGCACAAGACGTTGGACAGAAGAATTACGCTGCTGTGGTTGCTCCGAGAACAAAGCGTCCTGACTTGCCGGCCCACAAGTATCAAGCCCTTAACGCTAAAACTGGAGGGGACGTGGACTTCCTGCCTATTCCTAAGGAATTCTATAGACAACAGGTCGATGAATTCAAGTTCGCGCTCATTGGGCGACTGATGATACGAAAAGGTGTTAAACCTCGTTTAACACATGAATTAAAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018949
ATGACCAAACCCAGCACTTCTGCAGCACAAGACGTTGGACAGAAGAATTACGCTGCTGTGGTTGCTCCGAGAACAAAGCGTCCTGACTTGCCGGCCCACAAGTATCAAGCCCTTAACGCTAAAACTGGAGGGGACGTGGACTTCCTGCCTATTCCTAAGGAATTCTATAGACAACAGGTCGATGAATTCAAGTTCGCGCTCATTGGGCGACTGATGATACGAAAAGGTGTTAAACCTCGTTTAACACATGAATTAAAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803614.1
MTKPSTSAAQDVGQKNYAAVVAPRTKRPDLPAHKYQALNAKTGGDVDFLPIPKEFYRQQVDEFKFALIGRLMIRKGVKPRLTHELKAELQSLWNIPNDWQLITMGKGFFTLKFRSLEDKKTAKTNQIQELIDGQLRLREWVPKFNPYKEVSSIAQTWVHIYYLPIELWHPEVITAIGRYLGNPIKVDGCSGAGEVGHYARVLVEIDMSLPLKDGLRMDEDDGAFQTQDKGHNGDKDTSIGVNEPKKPDKEWQSKENSKKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器