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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003283

染色体: Chr03 坐标: 50862055-50870593 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003283
名称SmilChr03G003283
描述poly [ADP-ribose] polymerase 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向50862055 - 50870593 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014185
GeneID131014185
locus_tag-
NCBI NameLOC131014185
原始查询SmilChr03G003283

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述poly [ADP-ribose] polymerase 1
产物poly [ADP-ribose] polymerase 1
ArabidopsisAT2G31320 (PARP1)
poly(ADP-ribose) polymerase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817690]
identity=66.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0413700
-
identity=62.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003950 (NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0051287 (NAD binding)
KEGGsmil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00533 (BRCT); PF00644 (PARP); PF00645 (zf-PARP); PF02877 (PARP_reg); PF05406 (WGR); PF08063 (Zn_ribbon_PADR1); PF16589 (BRCT_2); PF21728 (PADR1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014185

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798060.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057798060.1
3 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057798060.1
4 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.20000 XP_057798060.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798060.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:50862298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:50863122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B104,B47,C38
Chr3:50864320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr3:50864339 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B134
Chr3:50864339 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B134
Chr3:50864411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:50865121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:50865411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:50865751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B15,B66,C22
Chr3:50865959 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:50867073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B15,B66,C22
Chr3:50867265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798060.1
979 aa
N
1
490
979
zf-PARP
zf-PARP
PADR1_N
Zn_ribbon_PADR1
BRCT
BRCT_2
WGR
PARP_reg
PARP
C
PF00645 zf-PARP 11-87 aa PF00645 zf-PARP 106-178 aa PF21728 PADR1_N 241-295 aa PF08063 Zn_ribbon_PADR1 296-336 aa PF00533 BRCT 395-466 aa PF16589 BRCT_2 398-478 aa PF05406 WGR 519-596 aa PF02877 PARP_reg 630-760 aa PF00644 PARP 774-975 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798060.1 Pfam PF00645 zf-PARP Domain 11 87 9.7e-38 129.5 Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region
XP_057798060.1 Pfam PF00645 zf-PARP Domain 106 178 9.7e-38 129.5 Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region
XP_057798060.1 Pfam PF21728 PADR1_N Domain 241 295 4.3e-20 72.6 PADR1, N-terminal helical domain
XP_057798060.1 Pfam PF08063 Zn_ribbon_PADR1 Domain 296 336 4.1e-14 52.8 PADR1 domain, zinc ribbon fold
XP_057798060.1 Pfam PF00533 BRCT Domain 395 466 1.5e-09 38.6 BRCA1 C Terminus (BRCT) domain
XP_057798060.1 Pfam PF16589 BRCT_2 Domain 398 478 2e-08 35.2 BRCT domain
XP_057798060.1 Pfam PF05406 WGR Domain 519 596 6.3e-17 62.2 WGR domain
XP_057798060.1 Pfam PF02877 PARP_reg Domain 630 760 1.2e-35 123.2 Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain
XP_057798060.1 Pfam PF00644 PARP Domain 774 975 4.4e-82 275.1 Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942077.1
ACACACACAAGTGACACAATCCCACACATACTAGTATTCTTCTCACTCCTCTCACTAAAGAAAACCAAGAAAAGAAAGGTACTTTTCTGAGAAAGGCAAGGTGAAAATGGCGAACCCTCCGAAGCCATGGAAAGCAGAGTATGCCAAGTCATCAAGATCATCATGCAAAACTTGCAAGAATTCCATTGAGAAGGAGACTCTCAGGCTTGGGAAGATAGTCCAGGCCTCTCAGTTTGACGGTTTCATGCCTATGTGGAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014185
ATGGCGAACCCTCCGAAGCCATGGAAAGCAGAGTATGCCAAGTCATCAAGATCATCATGCAAAACTTGCAAGAATTCCATTGAGAAGGAGACTCTCAGGCTTGGGAAGATAGTCCAGGCCTCTCAGTTTGACGGTTTCATGCCTATGTGGAACCATGCTGCTTGCATCTTAAGGAAAGCGAAACAGATAAAGTTGGTTGATGATGTGGAAGGGTTAGAGTCGCTTCGCTGGGACGATCAGCAGAAGATAAGAAAGTATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798060.1
MANPPKPWKAEYAKSSRSSCKTCKNSIEKETLRLGKIVQASQFDGFMPMWNHAACILRKAKQIKLVDDVEGLESLRWDDQQKIRKYVEDAAKSSSAAAQNVECGVEVSPSARATCRSCNQKIAKGELRISTKPEGQGAKTLSWNHAKCYIETSSNPQLEKFSGWDSLTASDRATVQSLVKKPSTSGGTKLEHDEKEGIQQAANQSGAKRKRALESDDTPLSKTPSSKNTKDLNDEKPVLDTQLEMQTKAIWALKDDLKKH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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