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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003286

染色体: Chr03 坐标: 50934820-50935836 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003286
名称SmilChr03G003286
描述uncharacterized SmilChr03G003286
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向50934820 - 50935836 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018950
GeneID131018950
locus_tag-
NCBI NameLOC131018950
原始查询SmilChr03G003286

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=37; qcov=0.191; evalue=2.5e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018950

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803616.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057803616.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057803616.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.60000 XP_057803616.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057803616.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:50934822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr3:50934825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr3:50934889 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A1,B105,B108
Chr3:50934889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B105,B108
Chr3:50934896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B99,C16,C5
Chr3:50934901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr3:50934922 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 45 A15,A18,A22,A23,A24,A5,A6,A7,B107,B11,B110,B121,B15,B24,B28,B32,B40,B41,B53,B54,B60,B62,B68,B8,B80,B87,B93,C1,C10,C16,C18,C19,C25,C34,C42,C5,C60,C62,C63,C67,C68,C74,C78,C87,D3
Chr3:50934934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B32,B63,B71,C66,C76
Chr3:50934935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C77,C87
Chr3:50934963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr3:50934979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C44
Chr3:50934985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947633.1
ATGGAGATGAGCAAACAAAGTATGGAGTCCCAAGCTTCTACGATCAAAAGGCTCGAGACTACGGTTGGACAACTTTCCGGTGCCTTGAATCAAATCCAACAACAACAGCAACCCGGGAAGTTTCATGGTCAACCTGCTCAGACGCATCAAGCTCTTGCTGTAATTGTTCTTCGCAGTGGTAAGTTGGTGGATAACAAAGTGGAGGTTCCTAATTTGACCAGCGCAGAGCAGCCGAACTCTACCTTGACCAGCGCAGAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018950
ATGGAGATGAGCAAACAAAGTATGGAGTCCCAAGCTTCTACGATCAAAAGGCTCGAGACTACGGTTGGACAACTTTCCGGTGCCTTGAATCAAATCCAACAACAACAGCAACCCGGGAAGTTTCATGGTCAACCTGCTCAGACGCATCAAGCTCTTGCTGTAATTGTTCTTCGCAGTGGTAAGTTGGTGGATAACAAAGTGGAGGTTCCTAATTTGACCAGCGCAGAGCAGCCGAACTCTACCTTGACCAGCGCAGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803616.1
MEMSKQSMESQASTIKRLETTVGQLSGALNQIQQQQQPGKFHGQPAQTHQALAVIVLRSGKLVDNKVEVPNLTSAEQPNSTLTSAEQPRSAFTSAEQPSSTVTRAELPSSVQPRPELPSLALASPTDGETTDKQKEGEKEKEVKLHKATAPYRPPIPFPNRLRNEKQDRQFEEFYNMLAKVNVNLPLLDVIRNVPAYVKFFKELASNKRRFGDNEKEATELGNLKSTRMCLQLADRTVRYPRGIVEDILVRVGGLIVPVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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